衛生部２００９年４月３０日印發的《人感染豬流感診療方案（２００９版）》中指出，人感染豬流感的診斷主要結合流行病學史、臨床表現和病原學檢查等，臨床上早發現、早診斷是治療的關鍵。
同時，診療方案還詳細介紹了人感染豬流感的診斷标準，具體有以下四種情況：
醫學觀察病例：
曾到過豬流感疫區，或與病豬及豬流感患者有密切接觸史，１周内出現流感臨床表現者。列為醫學觀察病例者，對其進行７天醫學觀察（根據病情可以居家或醫院隔離）；
疑似病例：
曾到過疫區，或與病豬及豬流感患者有密切接觸史（也可流行病學史不詳），１周内出現流感臨床表現，呼吸道分泌物、咽試子、痰液、血清Ｈ亞型病毒抗體陽性或核酸檢測陽性；
臨床診斷病例：
被診斷為疑似病例，且與其有共同暴露史的人被診斷為确診病例者；
确診病例：
從呼吸道标本或血清中分離到特定病毒；ＲＴ－ＰＣＲ對上述标本檢測，有豬流感病毒ＲＮＡ存在，經過測序證實，或兩次血清抗體滴度４倍升高，可确診為人感染豬流感。
甲型Ｈ１Ｎ１作為流感的一種，可以用傳統的中醫理論和方法進行治療，從中醫角度講，流感是感受外來邪氣，客于肺經，閉其清道，肺氣不得下降，其人必定流清涕、發熱、惡風、惡寒、頭疼身痛等情形。法宜宣散，如桂枝湯、麻黃湯、葛根湯之類。如不能及時治療會轉為内傷，引發腎陽衰而陰寒内生，腎絡通于肺，心肺之陽不足，不能統攝津液，而流清鼻涕，患者必定沒有外感的足征，多困倦無神，或噴嚏不休，或兩腳冰冷，法宜扶陽，如四逆湯、白通湯、封髓丹、麻黃附子細辛湯、姜桂湯之類。
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