紅曲最早發現于中國，已有1000多年的生産、應用曆史，是中國及周邊國家特有的大米發酵傳統産品。紅曲，古代稱之為丹曲，既是中藥又是，是用紅曲黴屬真菌接種于大米上經發酵制備而成。
漢末王粲詩賦《七釋》被認為是中國最早記載紅曲的文學作品。這說明當時已有紅曲并用于做紅飯或腐乳。
在唐代，中國掌握了将紅曲菌接種在粳米上制造紅曲的技術，開創了用微生物發酵法制造食用色素的先河。
北宋陶谷所作的《清異錄》中載有“紅曲煮肉”之說。宋代美食家、文學家蘇東坡曾做詩“剩與故人尋土物，臘糟紅曲寄駝蹄”，表明了當時南方特别是閩南地區已經将紅曲作為特産,而另一首詩中“去年舉君苜蓿盤，夜傾閩酒赤如丹”則記載的是閩南地區以紅曲釀制的紅曲酒。
到了元代，紅曲和紅曲酒已經成為流行商品，并且能夠在食物文獻中找到記載。在《農桑衣食撮要》《居家必用》《日用本草》《本草衍義補遺》中皆提到了紅曲的制作和紅曲“活血消食、健脾暖胃、治赤白痢、下水谷”的藥用價值，證明了紅曲在保健、醫學等方面的作用。
明代李時珍在《本草綱目》中評價說：“此乃人窺造化之巧者也”，“奇藥也”，在《本草綱目》中，紅曲或紅酵母被列為藥劑。在許多古代中藥典集中有記載該品具有活血化瘀、健脾消食等作用。明代宋應星編著的《天工開物》中明确記載了紅曲在中醫學和防腐、着色方面的應用。近代中醫藥理論把紅曲的藥用功能主要概括為“除濕痰，活血化淤，健脾消食”，“治赤白痢，下水谷”等方面。
明、清兩代的本草學者著作汗牛充棟，如李時珍的《本草綱目》、汪昂的《本草備要》、吳儀洛的《本草從新》、缪希雍的《本草經疏》、張璐的《本經逢源》等，其中都有關于紅曲的記載。紅曲味甘性溫，李時珍稱其與神曲相同。汪昂論紅曲，也認為“人營而破血，燥胃消食，活血和胃”。
紅曲作為一種食療兼備的中藥，一直備受我國百姓的珍愛。在《中華人民共和國藥典》和北京、湖南、山東、内蒙古等地的中藥材标準及炮制規範中，仍記載有紅曲，内容幾乎與古籍文獻中一緻。
近代中醫藥理論把紅曲的功能概括為“活血化淤、健脾消食”。活血化淤的根本是紅曲能有效地改善人體血液循環；健脾消食是指紅曲在人體消化系統發揮作用，達到促進代謝之功效。
紅曲是中華民族的先輩們留給人類的珍貴遺産，紅曲産品之所以能風靡全球，是傳統文化與現代化文明的結晶。（綜合《第一食品網》部分内容報道）
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