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生物病毒是如何進化的

健康 更新时间:2025-01-24 11:30:23

生物病毒是如何進化的(改寫生物書的發現)1

病毒體型微小,但它們在生态系統中無處不在。據研究估算,世界上病毒的數目大約是1031,比宇宙中的恒星總數還要多1億倍,總重量則與250億人的體重相當。幾乎所有的物種,都會被病毒感染。但有趣的是,很長一段時間内,科學家從未找到一種以病毒為食的生物——一直以來,病毒似乎處于食物鍊之外,隻顧感染并蠶食生物,而不會被生物當成食物。這看上去不合常理。因此,生物學家一直在尋找噬食病毒的生物。就在最近,他們終于在兩類原生生物的體内,找到了它們食用病毒的證據。

尋找“噬病毒體”

實際上,這并不是科學家第一次發現“噬病毒體”。早在2008年,法國科學家就發現了一種能感染、消滅病毒的病毒,并将其命名為“斯普特尼克”(Sputnik,俄文意為“衛星”)。但想要找到食用病毒的生物,卻沒那麼簡單。此前,科學家就發現一些原生生物體内有病毒的DNA,因此懷疑它們有可能吃下了病毒;更何況,一些實驗表明,原生生物也的确能夠以病毒為食。但美國畢格羅海洋科學實驗室(Bigelow Laboratory for Ocean Sciences)的拉穆納斯·斯特潘納烏斯卡斯(Ramunas Stepanauskas)研究員認為,這些實驗室培養的原生生物并不能代表自然界中的情況。為了了解在自然情況下原生生物是否真的以病毒為食,斯特潘納烏斯卡斯的團隊決定前往海岸,搜集浮遊原生生物的信息。

生物病毒是如何進化的(改寫生物書的發現)2

在緬因州的海灣中收集海面樣本。(圖片來源:斯特潘納烏斯卡斯等人)

在美國緬因州的海灣和地中海裡,研究人員總共采集了1698個原生生物樣本,并對這些樣本進行了DNA序列分析。他們采用了單細胞基因組分析(single-cell genomics),其測序結果可以說明微生物和病毒是否存在。

這些原生生物來自十多個不同的門。其中,在51%的來自緬因海灣的原生生物樣本,以及35%的來自地中海的樣本中,都檢測到了病毒DNA。值得注意的是,在皮膽蟲(picozoan)和聚胞動物(choanozoan)兩類原生生物的樣本中,每一個個體都含有病毒DNA。雖然有些原生生物可能以細菌為食,而噬菌體會寄生在細菌中,從而“搭便車”成為原生生物的晚宴,但是皮膽蟲和聚胞動物樣本中隻有大量病毒DNA,卻很少出現細菌DNA,這足以排除“搭便車”的可能性。并且,2013年的一項研究還指出,皮膽蟲的進食“器官”大小并不足以吞噬細菌,吃下病毒倒是綽綽有餘。研究團隊稱,加上之前的實驗室研究,我們終于有證據證明,噬食病毒的原生生物的确存在。團隊的分析結果于9月24日發表在《微生物學前沿》(Frontiers in Microbiology)期刊上。

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左:聚胞動物;右:皮膽蟲。(圖片來源:Wikimedia Commons)

不論是對于皮膽蟲還是聚胞動物研究來說,這都是激動人心的發現。一方面,聚胞動物長3~10微米,是動物和真菌的近親,與海綿的鞭毛細胞(choanocyte)有着驚人的相似之處。另一方面,皮膽蟲長度不到3微米,且自發現以來,科學家都未弄清皮膽蟲的膳食是什麼,畢竟如前所述,它們的“嘴”可吃不下細菌。

“病毒含有豐富的磷和氮,或許能給皮膽蟲和聚胞動物的夥食增添一些重要的營養元素。”畢格羅海洋科學實驗室的生物信息學家朱莉娅·布朗(Julia Brown)指出。既然病毒不隻消滅其他生物,還會反被其他生物消滅,在食物鍊中缺少的那一個節點,如今也能補上了。

填補生态圈空缺

對于像斯特潘納烏斯卡斯這樣的海洋微生物學家來說,這項研究提出了一個很重要的問題:既然原生生物能直接調控病毒的數量,這對海洋生态圈來說,這意味着什麼?此前,最常用于解釋海洋中病毒的角色的模型是“病毒分流模型”(viral shunt model),即病毒能夠入侵并裂解海洋中的微生物,将它們以可溶性有機物(dissolved organic matter)的形式送回食物鍊底端。

考慮到新研究的結果,論文的作者團隊認為,要想解釋海洋中生物和病毒的動态平衡,不隻有“病毒分流模型”這一個辦法。以往的模拟研究顯示,這類簡單的病毒-宿主-捕食者(virus-host-consumer)模型最後都會導緻病毒和微生物之間激烈的資源競争,從而導緻其中一方的勝利和另一方的消失。而這次發現的原生生物能直接噬食病毒的證據,實際上穩定了這三者之間的交互,維持了平衡。

斯特潘納烏斯卡斯研究團隊的最新發現則支持了“病毒穿梭模型”(viral shuttle model)。這個模型提出,原生生物食用病毒,能直接将病毒含有的有機材料從食物鍊底層向上輸送;而病毒本身裂解其宿主,則将這些生物的有機材料送往食物鍊底層。這樣一來,病毒就擔任了食物鍊中的“穿梭車”,幫助維持海洋環境中的養料平衡。團隊指出,過往已經有研究支持了這個新增“病毒連接”的存在。例如,2016年發表于《自然》的一項研究發現,病毒DNA與向食物鍊上方輸送的有機物呈正相關,也就是說,病毒的确可能在食物鍊中擔任“輸送養料”的“穿梭車”。

生物病毒是如何進化的(改寫生物書的發現)4

“病毒穿梭模型”的簡化圖;在這個模型中,病毒既将其宿主裂解成溶解有機物,送至食物鍊底端,又被小型浮遊生物(例如皮膽蟲和聚胞動物)食用,将自身包含的有機物送至食物鍊上端。(制圖:羅丁豪)

研究團隊表示,這項新結果并不是終點。知道有原生生物能以病毒為食,可以給我們提供“一個新的思考方向”。然而,這隻是新研究方向的一個起點;要闡明病毒在海洋生态中的角色,我們仍需大量的研究。但現在我們總算知道,就連“感染一切”的病毒,也會淪為小小單細胞生物的晚餐,在大自然的動态平衡中,沒有誰可以成為漏網之魚。

作者:羅丁豪

來源:環球科學|題圖:pixabay

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來源: 環球科學

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