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預測腫瘤是聚類還是分類

健康 更新时间:2024-08-15 11:15:55

預測腫瘤是聚類還是分類(南開團隊提出原位自分類組裝概念)1

“生物醫療分子越來越受到資本青睐,這充分證明多肽材料在醫療領域的巨大應用前景。在當前有限的資源條件下,我們更注重多肽有序結構在疾病治療與檢測方面的商用前景。目前,我們有一些獨到想法,也在積極申請發明專利保護。而此次論文成果,得到了領域專家高度認可,論文發表過程中的匿名審稿人稱該工作是領域内的突破性進展。”南開大學高分子化學研究所研究員餘志林表示。

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圖 | 餘志林(來源:餘志林)

近日,他擔任通訊作者的新論文發表在 JACS 上。在該研究中,他提出“酶放大多肽組裝”的新概念,借助多肽組裝—酶表達之間的放大關系,讓正常酶水平下的胞内原位組裝過程得以實現,從而為疾病早期診斷和幹預提供新策略。

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(來源:JACS)

多肽分子——生醫領域的“明星”分子

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多肽通常指由三個或三個以上氨基酸、通過肽鍵連接而成的化合物。其中,我們所熟知的蛋白質,由 50 個以上的氨基酸組成的多肽。多肽結構,是人體中最必不可少的成分,更是人體大多數活性物質的存在形式。

例如,人體内的細胞外基質組織,主要由膠原蛋白形成。通過人工合成得到的多肽分子,具有與蛋白質類似的結構單元,借此衍生出天然的生物安全性、穩定的分子間相互作用以及廣泛的生物活性,因此在開發生物醫用功能材料領域具有得天獨厚的優勢,近年來也成為生物材料研究的熱門領域之一。

目前,多肽分子已成為開發人工器官與組織工程材料、腫瘤納米診療試劑、廣譜抗菌材料的“明星”分子之一。餘志林團隊開發的生物醫用功能材料,主要針對疾病診療過程中面臨的瓶頸問題。

以疾病檢測與治療為例:一方面,隻有在病竈部位的活細胞内,選擇性地發生酶催化組裝,才能有效避免多肽有序結構對正常細胞造成生理毒性。

另一方面,要想讓多肽發生酶催化組裝,活細胞内酶水平必須有一定保證,否則酶催化過程很低效,難以在短時間内形成多肽有序結構。如果多肽長時間不能形成組裝結構,則容易發生酶降解過程,從而被代謝清除。

因此,此前活細胞酶催化組裝體系的設計準則,是以細胞過表達的蛋白酶為刺激源,進而催化多肽有序組裝。這導緻的後果是,當以普通水平的酶為刺激源、去調控細胞内多肽組裝時,便會遭遇挑戰。

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(來源:JACS)

通過酶催化組裝多肽結構,實現疾病檢測與治療

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在該團隊的最新報道中,餘志林通過建立多肽組裝與酶表達的循環放大過程,得以在細胞内、以普通水平的酶為刺激源,去構築生物活性多肽材料。

他表示,這是一個循環放大的過程,主要體現在兩個層面:

  • 其一,多肽組裝形成的有序結構,會激活酶表達上調的信号通路,從而促進酶表達;
  • 其二,酶水平的上調會反過來催化形成多肽組裝基元,這有利于多肽組裝過程的發生。

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(來源:JACS)

而該策略的關鍵技術難題,在于如何建立多肽組裝與酶表達的放大關系。好在團隊成員具備不同研究背景,包括化學、材料、生物與醫學等,這種交叉互補性為設計具有放大關系的組裝體系奠定了基礎。

比如,團隊成員的生物背景知識,可指導課題組對多肽分子進行功能化,進而保證多肽有序結構可以調控酶表達信号通路;而團隊成員在化學合成上的研究功底,讓他們得以成功制備多肽分子。

事實上,此次多肽分子的合成,與通常的多肽固相合成并不一樣,為此餘志林克服了一些合成上的困難,才順利得到本次多肽分子。同時,為緩解多肽組裝體對普通組織的生物毒性,此次設計的多肽組裝體系,對病竈部位具有被動靶向性質。

4 月 7 日,相關論文以《用于增強炎症治療的巨噬細胞中肽的自放大組裝》(Self-Amplifying Assembly of Peptides in Macrophages for Enhanced Inflammatory Treatment)為題,發表在 JACS 上。

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圖 | 相關論文(來源:JACS)

在該組裝新機制的醫用上,他們選擇了地塞米松,這是一種傳統型抗炎藥物,但是在細胞内容易引起生物活性氧水平提高,從而抑制其抗炎效果。結合課題組的組裝新機制特點,他們考察了所構築多肽結構在地塞米松抗炎方面的增強作用。

之所以做出這樣的選擇,主要由涉及到的蛋白酶決定。在此次構建的酶放大組裝新機制中,其使用一個還原酶作為模型,這個酶在維持細胞氧化還原平衡、降低生物活性氧水平中起着重要作用。

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(來源:JACS)

餘志林預計,這種酶放大組裝機制具有巨大應用前景,因此完全可以根據所涉及到的酶,來開發不同的醫用材料。蛋白酶的種類繁多,在很多生命過程中起着關鍵作用,因此該新機制的應用,也不會局限于抗炎治療。

在細胞内自分類組裝機制方面取得突破性進展

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據介紹,該團隊的一個重要研究方向是建立細胞内多肽組裝新機制,這種機制可為原位制備生物活性材料提供關鍵技術。在建立酶放大組裝機制的同時,他們也在細胞内自分類組裝機制方面取得了進展。

5 月 19 日,相關論文以《細胞内原位自分類多肽組裝及其雙重細胞器靶向功能》(In Situ Self-Sorting Peptide Assemblies in Living Cells for Simultaneous Organelle-Targeting)為題,發表在 JACS 上。

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圖 | 相關論文(來源:JACS)

自分類現象,是指不同生物分子通過選擇性相互作用,形成不同生命組織的過程,是在生命體系中、構建複雜有序生物結構的最常見方式。例如,在穩定的細胞結構中,細胞骨架中的微管和微絲,分别由機動蛋白和微管蛋白、通過自我識别而聚集形成。

在細胞内建立人工的多肽自分類體系,是一項非常具有挑戰的工作,這主要由于多肽分子的結構類似性造成。前面講過,所有多肽均都是由氨基酸通過肽鍵連接而成的分子,而肽鍵基團會讓不同的多肽分子,趨向于在一起共組裝。

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(來源:JACS)

餘志林表示:“在多肽組裝的設計上,我們團隊具有豐富的經驗。為了突破多肽分子共組裝的傾向性,我們決定采用堆積模式差異性,去驅動多肽分子的自分類組裝。”

堆積模式,就想像堆積木一樣,相同堆積模式的分子很容易進行選擇性組裝。在前期工作的基礎上,課題組設計出具有不同堆積模式的兩個多肽分子,其中一個是類磷脂分子,另一個啞鈴型分子。

類磷脂分子,是指具有類似細胞膜中磷脂分子結構、含有兩條疏水鍊的多肽分子。該團隊的前期工作證明,這類分子容易發生疏水片段的穿插,從而讓多肽分子能以穿插堆積的模式進行組裝。

啞鈴型分子,則指中間疏水、兩端親水的分子,它很容易發生平行或反平行的堆積組裝。在體系能量最小化原則性下,當它們混合在一起時,則傾向于發生自分類組裝過程。

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(來源:JACS)

另據悉,胞内多肽組裝一般需要設計具有刺激響應的多肽組裝前體分子,通過對細胞内刺激源的響應,促發細胞内多肽組裝形成納米結構,為此該團隊選擇 GSH(glutathione,r-glutamyl cysteingl glycine)作為刺激源。

GSH 分子的中文全稱是谷胱甘肽,是一個非常常見的生物還原劑,可引發諸多還原反應。針對此次設計的兩個多肽分子,課題組分别通過引入具有 GSH 還原響應的連接鍊和硒代亞砜結構,借此增強多肽分子的親水性,抑制多肽分子在 GSH 還原前的組裝行為。

在 GSH 還原響應下,多肽分子的親水鍊段被切割、親水性的硒代亞砜基團則被還原成疏水性的硒醚基團,從而形成具有組裝能力的多肽分子,進而引發多肽組裝過程。其中,兩個還原多肽分子,分别按照穿插堆積、以及平行堆積模式,形成獨立的納米纖維和納米帶結構。

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(來源:JACS)

實現靶向用藥、并促進導緻癌細胞死亡

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餘志林表示,此次所建立的原位自分類組裝體系,能同時在細胞内構築兩種獨立的多肽有序結構,在多肽功能化基礎上,可實現不同生物結構的同時靶向作用,從而允許人為地協同調控不同生命過程,這是普通多肽原位組裝結構辦不到的事情,也是此次新機制在構築生物醫用功能材料上的意義所在。

研究中,他們在兩種多肽結構中引入具有不同細胞器靶向功能的基團,一個是靶向高爾基體,一個是靶向内質網,這兩個細胞器是蛋白質合成的主要場所。

由于多肽有序結構的靶向富集作用,緻使細胞器功能障礙,從而殺死癌細胞。因此這一過程、與前面開發的酶放大組裝體系,在藥物遞送上的作用略有不同。

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(來源:JACS)

藥物遞送,一般是指對傳統化療藥物的有效遞送,借助多肽組裝體系、來提高藥物的臨床治療效果。原位自分類體系,則不涉及到化療藥物,主要通過原位構築的多肽組裝體,對生物結構産生物理幹擾、破壞生理過程,達到誘導細胞凋亡的目的。

當然,原位自分類體系也可被用來作藥物遞送體系,目前仍存在技術上的細節問題,團隊成員正在加快解決,以推動該機制在藥物遞送領域的應用。

盡管餘志林的研究領域還處于基礎應用研究範疇,但他說:“我們的研究策略始終定位在前沿創新上,基本不做跟風式的材料設計工作,所報道的材料都有我們團隊自己的标簽。我們的材料創新性很強,但由于團隊規模目前還比較小,基本上沒有精力兼顧材料的基礎研究與商業推廣,不過終極目标仍是讓材料走向實際應用。”

-End-

參考:

1、Song, Y., Li, M., Song, N., Liu, X., Wu, G., Zhou, H., ... & Yu, Z. (2022). Self-Amplifying Assembly of Peptides in Macrophages for Enhanced Inflammatory Treatment. Journal of the American Chemical Society, 144(15), 6907-6917.

2、Liu, X., Li, M., Liu, J., Song, Y., Hu, B., Wu, C., ... & Yu, Z. (2022). In Situ Self-Sorting Peptide Assemblies in Living Cells for Simultaneous Organelle-Targeting. Journal of the American Chemical Society, 144(21), 9312-9323.

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