大部分檢測出幽門螺旋杆菌的患者通常選擇藥物治療方案，主要是四聯療法。四聯療法通常包含兩種抗生素、一種質子泵抑制劑、一種铋劑。之所以選擇兩種抗生素，主要是為了減少細菌的耐藥發生幾率，增加根除的成功率。通常選擇阿莫西林加克拉黴素的組合，其療效最為确切，對于阿莫西林過敏的患者，可以考慮克拉黴素 甲硝唑或克拉黴素 左氧氟沙星等的組合，具體可以用的抗生素一般有阿莫西林，克拉黴素，呋喃唑酮，甲硝唑，左氧氟沙星等。
除了兩種抗生素以外，四聯療法中還包含一種質子泵抑制劑，如奧美拉唑，蘭索拉唑等，質子泵抑制劑一方面可以激活幽門螺旋杆菌，使其處于活性狀态，易于被抗生素殺滅，另一方面調節胃部酸堿pH值，提高抗生素的抗菌活性。
四聯用藥的用藥方案中還包含了一種铋劑，如膠體果膠铋，枸橼酸铋鉀等都是常見的選擇，铋劑能夠有效的保護胃黏膜，同時對于幽門螺旋杆菌也有一定的抑制作用，合用铋劑可以提高幽門螺旋杆菌的根除率。
常用的藥物配伍為阿莫西林、克拉黴素、膠體果膠铋以及奧美拉唑，用法為阿莫西林每天2次，每次1g；克拉黴素為每天2次，每次0.25g；膠體果膠铋為每天4次，每次150mg；奧美拉唑為每次20mg，每天分2次服用。
上述四種藥物的組合，就是幽門螺旋杆菌根除治療的通常用的藥物組合的，醫生一般會根據病人的身體情況，開具相應的處方組合來進行幽門螺旋杆菌的根除，通常兩種抗生素飯後服用，而兩種胃黏膜保護藥飯前服用,藥物療程10~14天，療程結束，停止服藥後14天後，可以再去做碳14檢查，确認幽門螺旋杆菌是否清除成功。
臨床上常見到部分患者由于各種原因，不按療程服用藥物，導緻幽門螺旋杆菌未能完全根除，同時不注意個人衛生，餐具消毒不徹底，幽門螺旋杆菌死灰複燃，影響患者健康。
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