sirna的合成方式?1.siRNA序列在靶基因中的位置從靶基因起始密碼子AUG下遊50～100個核苷酸開始搜尋理想的siRNA序列，越靠近靶基因的3′端，其基因沉默效果可能越好[2]以前的研究表明：不要以5′非翻譯區（5′UTR）和3′非翻譯區（3′UTR）及起始密碼子附近序列作為設計siRNA的模闆，這些區域含有調節蛋白結合位點(如翻譯起始複合物)，調節蛋白可與RISC競争結合siRNA序列，降低RNAi效應[3]；也要避開外顯子與外顯子的交界區域和單核苷酸多形性(SNP)區域最近，Yokota等發現在HCV(丙型肝炎病毒)基因組中，5′UTR是一個高度保守區，使之成為siRNA理想的靶點運用RNAi技術作用于5′UTR或3′UTR序列，同樣可引起靶基因沉默[4,5]，這些發現使基因功能分析領域擴展到5′UTR和3′UTR内，我來為大家科普一下關于sirna的合成方式?以下内容希望對你有幫助!

sirna的合成方式

1.siRNA序列在靶基因中的位置

從靶基因起始密碼子AUG下遊50～100個核苷酸開始搜尋理想的siRNA序列，越靠近靶基因的3′端，其基因沉默效果可能越好[2]。以前的研究表明：不要以5′非翻譯區（5′UTR）和3′非翻譯區（3′UTR）及起始密碼子附近序列作為設計siRNA的模闆，這些區域含有調節蛋白結合位點(如翻譯起始複合物)，調節蛋白可與RISC競争結合siRNA序列，降低RNAi效應[3]；也要避開外顯子與外顯子的交界區域和單核苷酸多形性(SNP)區域。最近，Yokota等發現在HCV(丙型肝炎病毒)基因組中，5′UTR是一個高度保守區，使之成為siRNA理想的靶點。運用RNAi技術作用于5′UTR或3′UTR序列，同樣可引起靶基因沉默[4,5]，這些發現使基因功能分析領域擴展到5′UTR和3′UTR内。

2. siRNA序列的起始堿基與長度

SiRNA序列最好為AA(N n)UU(N 代表任意堿基；n為堿基數目，在19～29 nt之間)， NA(N n) UU和NA(N n) NN序列也可以。以前的研究表明，典型siRNA 的三大結構特征是：長度為21～23 nt；siRNA雙鍊的3′端各有兩個突出堿基；siRNA雙鍊的5′端有磷酸基團。以AA?N19 标準設計的siRNA，在哺乳動物細胞中70%～80%可産生RNAi 作用。但是一些具有較小脫靶效應的siRNA序列不是以AA為起始的，所以現在不推薦以“AA為起始”作為選擇标準之一[6]。最新研究表明[7,8] ，27 nt或29 nt的siRNA與21 nt siRNA相比：（1）其抑制活性可提高數倍以上；（2）不易于誘導幹擾素反應和激活PKR；（3）一些基因對21 nt siRNA不敏感，但是可以被27 nt siRNA有效的抑制；（4）與21 nt SiRNA相比，27 nt SiRNA對靶基因的最大抑制率可在相對低的濃度下得到。另外，在選擇siRNA 序列時，要考慮到所用啟動子的類型。U6啟動子要求轉錄産物的第一個堿基是G，正反義鍊均如此；H1啟動子轉錄産物的第一位堿基為U、G、C均不影響基因的沉默效果[9]。

3 .siRNA 3′端突出堿基的選擇

當siRNA 的3′端突出堿基為UU時，其基因抑制效率最高；但是3′端的突出堿基不能為G，因為RNase會降解以G為末尾的RNA 單鍊。Elbas

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