微生物在自然界中分布很廣，凡是有生命的地方幾乎都有微生物存在，連微生物都不能生長的地方，往往也沒有其他生命存在。
微生物作為生态系統中具有一定生态結構和功能的最低級生态元（ecological unit),由于其獨有的特點，表現出與環境充分作用，并能更好地适應、保護、淨化和修飾環境。
土壤中的微生物大多數為腐生性的，隻有少數為緻病性的。
土壤是微生物的天然培養基。
分布概況：土壤表層：少，離地面10~20厘米土層：多，越往深處微生物愈少。
類群和數量：細菌→放線菌、黴菌→藻類、原生動物；
其類群與數量與土層深度、有機物的含量、濕度、溫度、酸堿度、土壤的種類等有關。
不同層次的微生物數量
不同高度微生物數量
不同土質的微生物的數量
土壤微生物與高等植物之間的關系：有利作用是主要的，也有有害的方面。
土壤中的病原微生物：大腸杆菌、腸球菌、各種芽胞杆菌、放線菌和真菌；
傳染病的來源；
不是它們繁殖的适宜環境。
空氣中的微生物：一些對幹燥和陽光抵抗力強，能産芽胞或色素的細菌以及真菌的孢子能存在于空氣中。
空氣中的病原微生物：鍊球菌、炭疽杆菌、化膿性葡萄球菌、綠膿杆菌、破傷風梭菌、腐敗梭菌、氣腫疽梭菌→創傷感染；
結核菌、肺炎球菌、煙曲黴→呼吸道。
空氣中各種粒子的大小和作用 空氣中各種粒子的大小和作用
空氣中微生物的有害作用 空氣中微生物的有害作用
Casela采樣器 Casela采樣器
離心式采樣器 離心式采樣器
水中的病原微生物及其傳播：借水傳播的傳染病有：傷寒、痢疾、霍亂、端螺旋體病、又鼻疽、布氏杆菌病、土拉倫期菌病、炭疽病、豬丹毒、馬腺疫、口蹄疫、豬瘟及其它傳染病。
水的微生物學檢查：以大腸杆菌作為指示菌來推測水源帶有病原微生物的可能性。
水的微生物檢查指标：1．含菌量，
2．大腸杆菌的測定。
含菌量：每ml水樣品中含細菌總數，飲用水少于100個/ml。
大腸杆菌的測定：大腸杆菌的測定：根據水中檢出大腸杆菌數量的多少來間接推斷飲用水的衛生質量。
（1）大腸杆菌價：是指能檢出大腸杆菌的最小水量。飲用水大腸杆菌價應大于300。
（2）大腸杆菌指數：指1000ml水中發現的大腸杆菌數。飲用水大腸杆菌指數不得大于3。
（3）大腸杆菌的最近似數：MPN 100ml水中大腸杆菌最近似數。
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