它們通常有着霸氣外露的名号、獨特的行事作風和堅定的信仰，組織内貫徹森嚴的等級制度，立有不容任何人挑戰的規矩。在動漫裡有開挂的主角，也有出彩的配角，但也有這麼一群人，他們有着共同的理想或目标，他們聚在一起，形成了強大的神秘，能力各異的各類動漫組織。有的是正義的主角，有的是強大的反派，他們都給觀衆留下了深刻的印象。
《绯彈的亞裡亞》 伊·幽在二戰中由日本、德國這兩個軸心國，為獲得戰鬥勝利而創設的超人培養機構，原本為大日本帝國的超人軍團，但在二戰結束軸心國失敗後，原成員依靠所搭乘的潛艇逃生，之後按照其特殊的理念創設了伊·幽組織。
《绯彈的亞裡亞》 伊·幽
其名為日本帝國的潛艇代号“伊”及德意志第三帝國潛艇代号“U”組成。五卷中因首領消失，绯彈傳于外人而解散，剩餘人員不明。其中，劃分為貞德等希望維持現狀的鑽研派，以及佩特拉等企圖征服世界的主戰派。
《名偵探柯南》 黑衣組織這個組織的真實名稱一直是一個謎，在片中往往以“黑衣（黑暗）組織”、“組織”代稱，組織的組成結構和目的也不明顯。但可以肯定的是黑衣組織是一個在全球都有分支部的大型犯罪組織，勢力遍布日本和西方國家，并且有雄厚的遍布全球的産業。并且在日本政界、經濟界和科學界有很深的人脈。似乎還在研究可以使人長生不老和“使時光倒流”的技術。
《名偵探柯南》 黑衣組織
組織裡的顔色是黑色，組織裡的人穿着“如烏鴉般漆黑”的衣服。核心成員都以酒名作為代号。内部似乎有很嚴格的紀律。不合格的成員、暴露組織身份的成員和背叛組織的成員都會被鏟除。美國聯邦調查局和中央情報局都介入了對組織的調查。
《無頭騎士異聞錄》 DOLLARS由一群人創辦的網絡社群。在創辦人陸續因害怕有關DOLLARS負面流言離開後，由唯一留下的創辦人，龍之峰帝人進行管理。 DOLLARS沒有規則，沒有拘束。成員基本上不認識彼此。帝人也隻在必要時才會對DOLLARS下令。
《無頭騎士異聞錄》 DOLLARS
在黑沼青葉的勸說下，帝人決定吸收藍色平方的殘黨，并對DOLLARS開始實施真正的管理和運作。主角們分别在DOLLARS中擁有自己的ID并總是偶然或必然的聚在一個聊天室裡。
《笨蛋·測驗·召喚獸》FFF團FFF團是私立文月學園高中部二年級F班的一個秘密審問社團。會長是F班須川亮，會員為F班所有單身男生，服裝為手持巨型死神鐮刀，全身黑袍，面罩上有F的字 異端審問會樣。
《笨蛋·測驗·召喚獸》FFF團
FFF團的召喚獸反感一切男女交往的活動，對于有女生給男生送便當的事情更為憤怒，在與B班的戰鬥中因為得知了B班班長根本恭二和C班班長小山友香交往，并且小山友香還給根本恭二送便當的事情後集體由學生變身為會員。憤怒的他們采用自爆的戰術，傷害高達10000點。給了B班以重創。他們在毀滅世間所有情侶之前絕不會停下來。
《黑執事》 葬儀屋
《黑執事》 葬儀屋
《黑執事》中葬儀屋/殡儀館老闆，故又稱葬儀社（人） ，真名不祥，自稱為“小生”，職如其名，開葬儀屋。 表面上是經營棺材店，實際上算是一個情報提供地，與法多姆海恩家族等人從事于作為女王的“走狗”的事業。
《大神與七位夥伴》 禦伽銀行就讀于私立禦伽學園高中一年級生大神涼子，與赤井林檎合夥，他們雖然與禦伽學園學生互助協會（通稱為“禦伽銀行”）的每個人合作，但是每天為了任意改造社會而持續戰鬥着的故事。
《大神與七位夥伴》 禦伽銀行
助人為樂、鋤強扶弱、學生互助，這裡雖然會幫助學生一臂之力，實際上幫忙後還是必須付出代價的，也就是“報恩”與“人情”。
《罪惡王冠》 葬儀社
《罪惡王冠》 葬儀社
“葬儀社”這個社團以從GHQ的手上奪回日本自治權為目标不斷進行着危險而殘酷的戰争。由組織首領恙神涯率領，組織的信條是"為被淘汰者獻上贊歌"。
《妖精的尾巴》 光明聯盟光明公會之一，名望很高，公會内高手雲集，以艾露莎、納茲、格雷為首的時常在執行任務時不顧後果的大肆破壞，導緻會長時常要接受各方批評，以及簽收各種巨額賠償款，公會内的開支更不可小觑。
《妖精的尾巴》 光明聯盟
與其他行會“幽鬼支配者”關系惡劣，被幽鬼攻擊緻使行會建築被毀，衆人通過努力重建了一個更為豪華的公會場所。
《刀劍神域》攻略組2022年，人類實現了現實世界和假想空間的融合，電子制造商開發了名為《刀劍神域》的在線電子遊戲。SAO甫一面世便大受好評，限量一萬份的名額在發售當天的短時間内便被搶購一空。通過聯網，玩家可以身臨其境進入充滿想象力和異域風情的遊戲世界——浮遊城市艾恩葛朗特。玩家在這裡可以生活、練武、升級、經商、探險，與真實世界别無二緻，卻擁有無上的樂趣。曾是少數封測玩家的桐人也是這一萬名幸運者中的一員。最初的興奮過後，玩家們卻發現根本無法順利登出遊戲，更為恐怖的是，一旦玩家的HP歸零，現實世界中他們的肉體也将死亡。他們被SAO的開發者茅場晶彥困在遊戲中，順利逃脫的方法似乎隻有一個，那就是完成困難重重的攻略任務……
《刀劍神域》攻略組
攻略組，一個以攻略遊戲而存在的組織,一直在遊戲的最前線攻略着，一路往上攻略高樓層的高端玩家們。
《驅魔少年》 黑色教團為了收集全部的“聖潔”以對抗千年伯爵的組織，組織極其龐大。教團中的驅魔師也被稱為“黑色修道士”，其中能力最強的5個人被稱為元帥，雲遊各地以找尋“聖潔”與适合者。 阻止千年伯爵發動終結世界的計劃——“黑暗三天”，所創立的直屬梵谛岡抗衡惡魔的秘密組織。
《驅魔少年》 黑色教團
其象徽以薔薇十字架作标志，本部建立于英國某處的懸崖之上。 但為了對抗“惡魔”做過許多邪惡的實驗，并且經常強迫擁有"使徒"資格的人強行加入。
動漫裡還有哪些讓人印象深刻的組織呢？
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