秦始皇的“焚書坑儒”也不意味着儒學的被消滅。正因為儒學之盛影響到了秦的政治，才使得它遭到了這一厄運。同時，秦朝的“焚書”和“坑儒”，其直接目的是限制儒生，使其就範。
因為如果要消滅儒學，就應在焚書時隻燒儒家的經典，而不是“百家語”；在禁止民間收藏《詩》《書》的同時，也不應允許秘府收藏、博士掌握。
而所謂的“坑儒”事件則是由方術士求仙藥不成引起，坑殺的460餘人不會全是儒生，而且其罪名是“為妖言以亂黔首”，并非針對儒家的思想主張。
所以，明人焦在《焦氏筆乘》中談到：“秦時未嘗不用儒生與經學也。”康有為的《新學僞經考》也認為，如果以“坑儒”為盡坑儒生，乃“非其誠而又增之”，“以坑儒為絕儒術者，亦妄言也”。
當然，焚書坑儒既然是秦始皇執行法家集權政治的必然結果，那麼儒家等各派的思想在一定程度上遭到禁锢是肯定的。作為新的空前統一的封建帝國的創造者，秦始皇沒有經驗可以借鑒，在統治思想方面他要利用各家各派中自認為合理的東西。
司馬談《論六家要指》中說：“儒者博而寡要，勞而少功，是以其事難盡從。然其序君臣父子之禮，列夫婦長幼之别，不可易也。”
這種看法再适宜于秦不過了。秦統治者對儒家的倫理思想特别器重。《呂氏春秋》是一部以儒家思想為主體的着作，這在其倫理主張方面表現尤為突出。
呂不韋為秦相時，儒家思想占有重要地位。即使在呂不韋集團下台後，孔子的倫理思想，尤其是君臣、父子、夫婦之道，始終未廢。孔子的忠、孝、節、義思想在秦代占據着統治地位。
不過，“焚”“坑”事件之後，許多學派的發展在一定程度上受到了限制，而儒家尤甚，他們失去了原來在政治舞台上的地位。
《太平禦覽》卷八六引《異苑》曰：“始皇既坑儒焚典，乃發孔子墓，欲取諸經傳。”孔子在當時的地位明顯下降，儒生的境況也急轉直下，他們不敢再公開傳道授學。這種文化高壓政策，激起了人們的極大怨憤。當陳勝起而反秦時，“魯諸儒持孔氏之禮器往歸之”，孔子的九世孫孔鲋甚至做了他的“博士”，儒生們加入到反秦的行列中。
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