世傳天下兩少林，一在中州，二在閩中。閩中少林寺始建于唐貞觀三年（629年），傳為隋唐之際曾救助秦王李世民的十三棍僧之一的智空（字道廣）和尚所建。傳說，當年唐太宗命少林寺方丈昙宗為大将軍率僧兵到沿海對付海賊。在平定海賊之後，留下道廣等寺僧在閩中經營少林寺。道廣在得到昙宗的指點之後，遍訪閩中沿海山水，找到一處山形地貌與少林寺所在地非常相似的地方，建起了少林在東南沿海的分寺。

嵩山少林院遺址前廣場

唐天祐四年（907年），皇室外戚朱溫廢唐，改國号為梁，史稱後梁。此時，統治福建的節度使王審知對後梁政權稱臣納貢，這激起了部分忠于李唐政權的閩中少林寺僧的反對，閩中少林寺随之毀于這場鬥争中。

五代後期，王氏閩國政權覆亡後，福建分别被南唐、吳越割據。至後周顯德二年（公元955年），統治中原地區的後周世宗柴榮開始毀佛，其後共廢佛寺7000餘所。中州嵩山少林寺也在廢除之列，寺僧被逐出寺院，勒令還俗。而此時位于東南一隅的吳越國正處在笃信佛教的錢氏政權統治之下。吳越國在其存世的近百年間，始終奉行尊崇佛教的政策。吳越國内佛寺興盛，僧侶雲集，佛事活動非常頻繁。在這樣的背景下，部分少林僧人僭逃進入吳越國境，輾轉來到閩中少林寺故地，在閩中少林故地重建少林寺。因寺僧主要來自中州祖庭，故寺院沿用了“嵩山少林寺”的名稱。

嵩山少林院遺址

公元 978 年，吳越國上表投降，福建全境歸入宋版圖。北宋統一後，中原佛教重興。位于閩中的嵩山少林寺僧人便将重建少林祖庭之事提上了議事日程。北宋嘉佑元年（公元1056年），住持修颙從南“少林寺移住洛陽白馬寺”，開始着手重建北少林寺。北宋元祐二年（公元1087年）“報恩開法于少林寺”。北少林完成重建後，随之出現了兩個“嵩山少林寺”的局面。為區分這兩個寺院，位于閩中的少林寺被改稱為“少林院”。兩個寺院之間則以“北寺”和“南院”互稱，即人們通常所說的“少林南北寺院”。這也就是為什麼在少林有着衆多分寺下院（一說唐代建9座、元代又建5座，一說共9座）的情況下，隻有閩中少林寺能夠和中州少林寺并稱“南北少林”的根本原因。南少林正式名稱改為“少林院”後，民間的稱呼依慣仍舊還是“少林寺”。例如，《閩都别記》256回講述元代福州萬壽寺僧人王法助，為造南台萬壽橋，上少林院求學拳棍武術和向寺裡借寶之事時，均稱南少林為少林寺。在少林院附近村莊發現的多本清代“請神簿”中，記錄的當地神名有“少林寺迦藍”。

嵩山少林院遺址

北宋末年，靖康之難，中原塗炭。傳此時也有寺僧南逃入閩。此後，南宋與金對峙，南北寺院關系漸行疏遠。元初，元朝統治者任命的北寺方丈福裕和尚确立了北少林衍用至今的“七十字輩”，并去臨濟、沩仰、曹洞、雲門四宗，以曹洞宗一統北寺。但是，南院沒有受此影響，依舊是以傳臨濟宗為主的十方叢林。北寺資料顯示，明朝後期，有“南院”一系僧人入中州少林寺。此系的無言正道“祝發（削發）于上藍寺，派本臨濟，至明萬曆時依入嵩山少林寺，為第二十六代，傳之五世乃入曹洞正宗”。也就是說，無言正道到北寺後，又傳下傳臨濟宗“園通行超明”5代，到了第6代“玄”字輩，才改歸始于元朝的北寺“七十字輩”系列。

嵩山少林院遺址

除了“傳宗”不同外，南院與北寺在武術方面的差異也明顯加大。以至于明嘉靖四十年（1561年）福建籍抗倭名将俞大猷至北寺觀武時，認為“其真訣皆失”，已經異化的沒了“少林味”、“少林魂”了。

天王殿

到了明末，清軍攻入福建。少林院僧人投身抗清鬥争，寺僧遭到殺戮，寺院被焚毀，相關典籍也被收繳焚化為灰燼。但是，清廷單方面的舉措不可能完全消除南少林留下的所有印迹，更不能抹去人們心中的記憶，尤其是南少林的所在府縣，根本就不會成為一個問題。然而，南少林寺址卻在寺毀之後也消失得無影無蹤了……

近代《洪門秘笈》稱“少林寺在福州府福田縣九連山”，日本人平山周的《中國秘密社會史》則稱“少林寺在福州府浦田縣九連山”。《西魯序》、施列格《天地會研究》記錄的資料以及《清稗類鈔•會黨類》等文本中，或稱南少林在福建福州府圃龍縣九蓮山，或稱福州府鼓嶺（在福州市郊），或稱在莆田縣。雖然，天地會會簿等記錄的少林寺址一開始就很明确在福州府，但是，所有的縣份名稱都不對。福州府下隻有福清縣和古田縣，而無福田縣、圃龍縣、浦田縣。是什麼原因造成這種“府對縣不對”的情形呢？

大雄寶殿

描寫少林寺僧西征反被清庭恩将仇報的《西魯序》是天地會會簿的核心部分，作者用意即是以此來激發廣大會員對清庭的刻骨仇恨，故而忌諱“賜福、保佑清朝”字意出現在是“會簿”這樣的反清宣傳冊子中。然而“祖寺”南少林的所在地卻在一個帶有“清”字、且是叫作“福清”的地方，這讓天地會首領們情何以堪？因此，會簿的執筆者自然要将這裡的“清”字改掉。這樣一來，原本在鄰近莆田之界的福州府福清縣九蓮山少林寺，到了天地會的“會簿”之中，就變成了“福州府福田縣九蓮山少林寺”。

後來，天地會會簿中的少林寺址在多次傳抄過程中，被傳抄者根據自身的理解和判斷以及某種需要進行修改。随着時間的流逝、知情者的故去，南少林的寺址也就“失蹤”成了“百年之謎”。

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