這個飛行員駕駛着一架戰機飛行在三萬英尺的高空上，此前和他一起出擊的戰友因為戰機故障不得不返航，而他則是死死地盯住雷達裡的物體，他以為很快就能夠看到神秘飛行物，可是目标卻突然丢失，而他也撞擊上了一個紅色的發光體，朦胧之中他喊着自己還不能死，而且還看到了一個橙色的巨人。

01撞上紅色發光體的飛行員

原來這個男人叫作真木瞬一，是二等空尉，不久前他已經決定好要退役，結果遇到了緊急出擊的命令，所以才遭到了這場空難。飛機墜毀之後，山裡的一戶人家正在觀看空難的新聞，突然女主人被吓得半死，原來是真木竟然沒有死，掙紮着來到這裡。

睡夢之中，男人看到一個紅色的發光體在宇宙深處飛來，并且墜落到地球上，在墜落的過程中撞擊上了一架戰鬥機，而飛行員就是他自己！真木猛地睜開眼睛，發現妻子和兒子已經在身邊守護多時，他問妻子自己是怎麼活下來的，但是妻子對此一無所知。

第二天醫生對真木進行了全身檢查，一番檢查下來發現真木并沒有什麼異常，而且幾乎沒有受傷，十分地健康，醫生感到十分吃驚，因為真木經曆了這種程度的空難，全身上下竟然連一處骨折都沒有。

出院之後，上級對真木進行了一次聯合詢問，真木如實回答，并且說到了紅色發光體的，然而上級卻對此不聞不問。離開之後真木對戰友說出了自己的疑惑，然而這個時候的真木不知道，他在回答上級詢問的時候有一個女人通過監視器了解到了一切，而真木在之後的生活也全部都被這個女人監視着，而且這個女人還在監視的同時說真木是怪物。

02異生獸始祖

另一方面，長官來到一處海岸，眼前是一艘殘破的輪船，手下說裡面的乘客已經全部遇難，現場慘不忍睹，如同被猛獸襲擊一般。長官則是感歎他們的對手不是像猛獸那樣容易對付。

戰鬥機墜毀之後，真木從部隊退役，并且成為了一名小型飛機的駕駛員，工作如意。但是這一天真木卻搭到了一個沉默寡言的女乘客，其實這個女人名為沙羅，她就是在暗中監視真木的人。真木飛行到一半的時候，軍方的軍用直升飛機突然出現，女人則是拿出槍來，要求真木跟着直升機走，而且還要求真木在國道上降落。

之後真木被帶到了一處秘密基地，沙羅他們告訴真木，在一個月前就開始監視他了，真木很生氣。但是沙羅告訴真木，類似的事件在三個月前就已經發生過了，原來在三個月前有一個藍色發光體墜落在太平洋，軍方派人出去調查卻幾乎全軍覆沒，隻有有恸貴文活了下來，事情發生一周後，幸存的貴文竟然變成了怪物，而這個怪物就是異生獸始祖。

貴文在變異成為異生獸之後，他吸收了壁虎的能力，爬到監控的死角，引誘看守的士兵進入然後襲擊士兵逃走。說到這裡，真木頭疼欲裂，突然看到了異生獸襲擊士兵的畫面。原來真木也受到了紅色發光體的影響，六感變得異常強大，此時的沙羅和軍方大佬已經将真木看成是怪物，盡管真木進行了否認，但是内心也不免害怕。

03伏擊異生獸始祖

随後真木被帶到一處地下密室被囚禁起來，真木十分抗拒，突然他感到了怪物靠近，而這一切都是沙羅的安排。原來沙羅早就知道異生獸會前來誅殺真木，所以故意以真木為誘餌引誘變成異生獸後的貴文過來，想要将貴文殲滅在這裡。貴文果然上當，獨自闖入了埋伏圈中，士兵随即開槍射擊，一番齊射之後，異生獸應聲而倒。可是異生獸并沒有死，站起來後更加猙獰，并且還吸收了一堆的五線石龍子，而且還變得更為巨大，此時的異生獸始祖進化為強化形态，并且開始屠戮士兵，最後隻有沙羅活了下來。

就在沙羅和異生獸始祖對峙的時候，真木以強大的力量脫困，看到沙羅有危險，真木不計前嫌讓沙羅快走，自己則是吸引了異生獸的注意。異生獸這一次的目标就是真木，于是就開始攻擊真木，并且還将真木擊飛砸破凹牆體。然而真木不僅沒有死，而且站起來之後全身散發藍光，藍關之中又被橙色的光紋布滿全身，随後變大成為了奈克斯特奧特曼！

随後奈克斯特奧特曼和異生獸始祖搏鬥，異生獸眼看打不過，一生氣就将目标放在沙羅的身上，但是奈克斯特用身體擋下了攻擊，至此沙羅開始對奈克斯特改觀。可是因此奈克斯特被異生獸始祖用尾巴綁住了脖子，奈克斯特單身發光将尾巴切斷，但是随後胸口的計時器開始閃爍。不過即便是在能量不足的情況下，奈克斯特還是打傷了異生獸始祖。随後始祖想要逃跑，奈克斯特雖然想要追趕，但是無奈能量不足，又是第一次變身，随後倒下變回了真木。

04最後的決戰

沉睡中，真木又看到了那個巨人，這個時候的真木哪裡知道，夢中的巨人竟然是諾亞奧特曼的退化形态。醒來之後，沙羅告訴真木，貴文的目标就是他，所以沙羅才會拿真木來當誘餌。而這個時候日本新西宿的地下，貴文襲擊了工人，并且不斷吸收各種動物來完成進化。真木于是同意幫助沙羅等人對付貴文，可是在前往的路上，真木感知到了兒子出事進了醫院，于是就搶了一輛車前往醫院，軍方大佬下令狙殺。

在醫院的門口，沙羅預知到真木的到來，這個時候真木的戰友出現，并且用槍讓沙羅同意真木進醫院看兒子，沙羅隻好同意。真木來到醫院，發現兒子沒有事，不過這個時候的他已經決定要一直守護在兒子的身邊，可是真木的兒子卻很懂事，讓爸爸去工作，自己沒事，為了不讓貴文大肆殘害民衆，真木和沙羅一起出發。

沙羅在車上告訴真木，變成異生獸的貴文其實是她的戀人，本來他們已經打算結婚并且組建家庭了，所以當貴文逃走的時候沙羅一時心軟沒有開槍，導緻了事情一發不可收拾，現在她要彌補過錯，将貴文消滅。

兩人一起來到陰暗的地下，這個時候真木感知到了貴文的存在，然而出乎所有人意料的是貴文竟然顯得十分狼狽地走出來，要知道在此前他才吃掉了一群工人。原來貴文是在故意示弱，但是沙羅還是選擇了開槍，隻是因為情緒激動，開了五槍隻命中了一槍，随後貴文的手變長将沙羅抓住，沙羅抓住機會開出了最後一槍。

憤怒的貴文随即變異，而且想要繼續襲擊沙羅，真木随即阻止，對峙之中兩人都完成了變身。一番打鬥之後，異生獸發現自己不是對手，随即使用音波逼出了大量的老鼠，并且還吸收了這一堆老鼠進化為進化形态，最後大到地下已經容納不下，于是異生獸破土而出，開始到處破壞，人們驚慌逃亡。

而奈克斯特奧特曼為了救一對母女也完成了進化，從幼年形态進化為成年形态，然後又是一番惡戰。在戰鬥中為了躲避始祖滅絕光彈，真木控制奈克斯特飛了起來，身為飛行員的真木感到非常激動，他竟然不依靠戰鬥機就能夠在天空飛翔。可是異生獸又吸收了一大批的烏鴉進化為有翼形态，雙方展開了空戰。

可是奈克斯特奧特曼因為不願意完全侵蝕真木，戰鬥中落于下風，關鍵時刻真木的戰友帶領戰鬥機群前來支援，奈克斯特則是抓住機會和三日月形的光刃切割了異生獸始祖的翅膀，随後從雙手産生強烈的能量後組成十字形，将光能量以奔流形式放射而出的奈克斯特的最終究極光線将異生獸粉碎。

然而異生獸始祖雖然被真木消滅，可是始祖的細胞卻沒有完全消失，在《奈克瑟斯奧特曼》裡，這些細胞不斷進化，不斷襲擊人類，而人類則是成立了夜襲隊來對抗，這是後話，暫且不提。

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