根據上述讨論，力學量A的平均值有時間平均和系綜平均兩種。如果體系 遵守各态曆經假設或準各态曆經假設，則時間平均和系綜平均的結果一緻。
由于計算力學量A的系綜平均〈A〉，需要知道系綜所包含的無限多體系的 力學量A在任一時刻的數值，這是任何實驗都不能實現的。事實上，最多隻能 測量少數幾個體系在有限時間内的時間平均；因此，實驗測量得到的是力學量A 的時間平均入，不是系綜平均〈A〉。相反，統計力學方法計算得到的力學量A 的平均值，是系綜平均〈A〉，不是時間平均A。
在MD模拟中，用相對微小的模型體系近似由大量原子、分子組成的實際 體系，并模拟模型體系随時間的演化。因此，MD模拟得到的是模型體系的力學 量a的時間平均a。為了以模型體系的時間平均N近似實際體系的時間平均入 或系綜平均〈A〉，必須滿足如下條件：
(1) 模型體系必須大于實際體系的各種特征尺寸，能夠近似實際體系中發生 的物理化學過程。由小分子物質組成的均相體系，能夠達到這樣的要求。但是, 對非常稀的溶液，必須保證體系中濃度最低的組分具有足夠的分子數，否則模拟 結果沒有代表性。當用MD模拟研究高分子溶液時，模拟體系的尺寸也必須大 于高分子的尺寸。當用MD模拟研究非均相體系時，更應該考慮模拟體系是否 能夠包含足夠的體積，以正确描述各個非均相的部分。
(2) MD模拟所對應體系在現實世界中的演化時間必須足夠長，保證時間平 均等于系綜平均。在由小分子物質組成的均相體系中，發生的許多物理過程時間 較短，模拟所對應的實際世界演化時間的要求通常也能達到。但是，高分子、生 物分子等在溶液中的構型變化，發生的時間尺度往往可以達到Ins或更長，模拟 時必須非常小心。當用AIMD模拟化學反應時，隻有電子轉移、質子轉移等少 數種類的化學反應的時間尺度在Ins量級，其他化學反應時間往往更長，難以用 AIMD模拟實現。
(3) 利用分子動力學模拟玻璃态等趨于平衡的速度非常緩慢的體系時也應注 意，必須保證足夠的演化時間和适當的外界條件，使體系達到平衡。否則，模拟 結果沒有代表性。
模型體系的力場模型或力學模型必須足夠精确，能夠描述實際體系的性質。
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