子囊菌門—外囊菌亞門

外囊菌亞門是子囊菌門中的一個比較原始的分支，本門中其他菌種基本是由其進化出的，最新的分子生物學研究證明其是單源種。

外囊菌亞門的種類基本是寄生的，以菌絲或酵母方式寄生在植物的葉、枝或花蕾上，但沒有寄生于根部的。許多種類為植物的緻病菌。

下屬綱：

古根菌綱（Archaeorhizomycetes）

粒毛盤菌綱（Neolectomycetes）

肺孢子菌綱（Pneumocystidomycetes）

裂殖酵母綱（Schizosaccharomycetes）

外囊菌綱（Taphrinomycetes）

古根菌綱（學名：Archaeorhizomycetes）是子囊菌門外囊菌亞門下的一個綱，發表于2011年，其下隻有一個單型目古根菌目（Archaeorhizomycetales）、一個單型科古根菌科（Archaeorhizomycetaceae）與一個單型屬古根菌屬（Archaeorhizomyces），目前隻有兩種物種被發表。古根菌綱下的物種廣泛分布于全球，除南極洲外在各大洲皆有分布，生長于土壤中植物根部的附近。

古根菌綱的學名Archaeorhizomycetes源自于希臘文的Αρχαίο（arkhaio，意為古老，指古根菌綱在子囊菌門的演化樹中，屬于相對較早分支的演化支）與ῤίζα（rhiza，意為根）兩詞。

在古根菌綱發表之前，已有超過50篇研究分析土壤中微生物的DNA樣本時發現了本綱物種的存在，并稱之為“土壤菌株1”（Soil Clone Group 1）。2011年的研究透過rDNA序列的定序，發現這個演化支的真菌屬于外囊菌亞門，且是包含裂殖酵母綱與肺孢子菌綱的演化支之姊妹群。古根菌綱真菌的菌絲體生長緩慢，其菌絲具有兩層細胞壁，表面有一些分泌物，直徑1-2微米，且可能會形成直徑3-6微米的厚垣孢子。本綱物種雖常出現在植物根部，但沒有證據顯示它們可以與植物形成菌根，也沒有證據表明它們是植物病原菌，因此其出現于根部可能是與其他種形成菌根的真菌互動，而非與植物互動所緻，且因其可于僅含葡萄糖或僅含纖維素的培養基生長，也可能屬于不直接依賴植物供給有機物的腐生菌，因其生态地位不甚明朗，發現者之一的密歇根大學真菌學家提姆西‧詹姆士（Timothy James）稱其為“一種有點無趣的真菌”。古根菌綱的真菌在苔原的生長有季節性，在夏天大量生長，其他季節則阙如。

古根菌綱下第一個發表的物種是與本綱一起發表的Archaeorhizomyces finlayi（英語：Archaeorhizomyces finlayi），其種小名為表彰瑞典農業科學大學的真菌學家Roger D. Finlay對根際生态學的研究貢獻。2014年，發現古根菌綱的研究團隊又發表了本綱的第二個物種Archaeorhizomyces borealis，并根據公開數據庫中的DNA序列資料，估計本綱可能有超過500種未被描述的物種，且這篇研究也做出了外囊菌亞門新的演化樹，其中古根菌綱與粒毛盤菌綱互為姊妹群，兩者皆是外囊菌亞門演化上最早分支的類群。

下屬：

古根菌目（Archaeorhizomycetales

古根菌科（Archaeorhizomycetaceae）

粒毛盤菌綱隻有一綱、一目、一科、一屬，是屬于外囊菌亞門的真菌，是外囊菌亞門中唯一一類有子囊果的品種，子囊果有7厘米長，呈黃色、橘黃或淡黃色。

粒毛盤菌屬各品種生長在亞洲、北美洲、歐洲北部和阿根廷，都是寄生品種，一般生長在森林中，寄生在樹木上，其中N. vitellina生長在樹木的根部，但尚不清楚這些真菌的營養來源究竟是吸收宿主，還是腐生甚至是和宿主共生的，據說這些真菌可以食用。

從起源上還沒有發現粒毛盤菌屬與任何其他菌類有比較密切的親緣關系，隻是和子囊菌門有不确定的關系，很明顯子囊菌門是從粒毛盤菌屬類進化而來的，所以粒毛盤菌屬也被稱為“活化石”。

下屬：

粒毛盤菌目（Neolectales）

粒毛盤菌科（Neolectaceae）

肺孢子菌綱隻有一目、一科、一屬，是外囊菌亞門中一類比較原始的真菌，直到20世紀初才被發現，是一種類酵母菌，寄生在人類和哺乳動物的肺中，其中最早發現的是P. carinii，寄生在鼠類的肺中，于1909年發現，直到1945年才發現是P. jirovecii寄生在人類的肺中，導緻人類發生肺孢子菌肺炎（PCP）。

下屬：

肺孢子菌目（Pneumocystidales）

肺孢子菌科（Pneumocystidaceae）

裂殖酵母綱（學名：Schizosaccharomyces）的真菌類似酵母菌，但不論基因的組織、結構及基因的表達調控等方面，還是細胞周期、rRNA的生物合成都和酵母菌并不相同，在某些方面裂殖酵母綱的真菌甚至和高等動物有一定的相似性，本屬真菌從不進行有性繁殖，都是以無性分裂方式繁殖。

本綱研究得最多的物種是粟酒裂殖酵母（英語：Schizosaccharomyces pombe）(S. pombe)。目前已經描述了四種裂殖酵母（S. pombe，S. japonicus，S. octosporus和S. cryophilus）。

下屬：

裂殖酵母目（Schizosaccharomycetales）

裂殖酵母科（Schizosaccharomycetaceae）

外囊菌綱是子囊菌門外囊菌亞門 (Taphrinomycotina) 一類較高等的真菌。

下級分類：

原囊菌目（Protomycetales）

外囊菌目（Taphrinales）

棒囊菌目（Coryneliales）

梭絨盤菌目（Medeolariales）

菌粉衣目（Mycocaliciales）

小核衣目（Pyrenulales）

外囊菌目（Taphrinales）是子囊菌門的1目。C·L·克雷默（1973）主張本目僅包括外囊菌科1科，但也有人主張取消原囊菌目，将原囊菌科和外囊菌科作為外囊菌目的兩個科。

無性繁殖主要是由子囊孢子直接芽殖形成芽孢子，芽孢子可重複芽殖或萌發生菌絲體，但在人工培養基上不能形成菌絲體，隻形成酵母狀菌落。有性生殖由菌絲細胞雙核化後形成産囊細胞，在産囊細胞内進行核配，此時細胞開始伸長并漸漸形成子囊，一般出現在寄主植物角質層下的栅狀層中。

本目成員均為植物寄生菌，為害高等植物和蕨類植物，引起組織變形，如縮葉、皺葉、囊果、泡腫和叢枝等症狀。其中著名的如引起桃縮葉病的畸形外囊菌。外囊菌屬的其他一些種還可引緻栎樹、櫻桃的縮葉病；楊樹、桃樹的葉泡腫病；桦樹、櫻桃、李的叢枝病；李的囊果病等。

屬半子囊菌，形态較簡單，菌絲有隔、無色、分支，且都是雙核菌絲，這最後一點在子囊菌中是特殊的。菌絲體隻寄生于寄主表皮細胞下或表面的角質層下，最後形成一層産囊細胞，從而發育成一層子囊，呈栅狀排列于寄主表面。子囊一般呈圓筒狀，内含8個子囊孢子。有時由于雌雄核融合後隻進行減數分裂而不再進行有絲分裂，從而一個子囊隻含4個子囊孢子。另外還有些外囊菌，子囊内的單倍核還會進行多次有絲分裂，因而形成許多子囊孢子。子囊孢子單核、單倍體，有時可在子囊内進行芽殖，産生芽孢子。子囊孢子和芽孢子成熟後被子囊噴射出去，然後随風傳播。外囊菌除芽孢子外，無典型的分生孢子，無性世代不發達。

此目隻有一科、一屬，約120種，全部都是寄生菌，寄生性很強，接近于專性寄生，但可人工培養，在人工培養中隻進行芽殖，象酵母那樣。引起的主要病害有桃縮葉病、李袋果病、櫻桃縮葉叢枝病等。

下屬科：外囊菌科

棒囊菌目（學名：Coryneliales）為外囊菌綱的一目真菌。

下屬科：

棒囊菌科（Coryneliaceae）

孤囊菌科（Eremascaceae）

棒囊菌科（學名：Coryneliaceae）為棒囊菌目的一科真菌。

孤獨囊菌科（學名：Eremascaceae）是子囊菌門外囊菌綱的一個科。很可能是子囊菌門真菌的基礎分枝（basal branching）。因此，其它子囊型酵母由其進化而來。該科目前隻有孤獨囊菌屬一個屬，由愛德華·伊達姆（Eduard Eidam）在1883年分離培養。本科目前3個菌種，分布廣泛，并且營腐生生長，特别是在含水量低的動植物殘體上。

本科物種沒有無性生殖，因此不産生分節孢子與分生孢子。有果體子囊每個産生通常有8個子囊孢子。

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