比較科創50與創業闆指結構，一級行業方面，科創50指數電子行業的權重占比明顯較高，而創業闆指則主要集中于電氣設備和醫藥生物行業。具體來看，科創50指數前五大權重行業分别為電子（34.77％）、醫藥生物（16.17％）、計算機（12.13％）、電氣設備（11.72％）和機械設備（9.61％），而創業闆指的前五大權重行業分别為電氣設備（28.21％）、醫藥生物（25.65％）、電子（10.41％）、非銀金融（8.62％）和化工（5.21％）。
二級行業方面，科創50中半導體占比居首，而創業闆指中電源設備和醫療器械占比居前。具體來看，科創50指數前五大權重行業分别為半導體（30.50％）、電源設備（11.29％）、計算機應用（10.94％）、化學制品（9.08％）和生物制品（9.06％），而創業闆指前五大權重行業分别電源設備（24.24％）、醫療器械（11.12％）、證券（8.62％）、生物制品（7.63％）和醫療服務（5.83％）。
權重股方面，創業闆指權重股集中度更高，科創50相對分散。科創50的前十大權重股中，排名前三的分别為中芯國際（9.87％）、天合光能（6.59％）和金山辦公（5.45％），前三大重倉股合計權重為21.91％，前十大重倉股合計權重為50.32％。創業闆指的前十大權重股中，排名前三的分别為甯德時代（17.29％）、東方财富（8.62％）和邁瑞醫療（4.78％），前三大重倉股合計權重為30.70％，前十大重倉股合計權重為51.49％。
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