嚴酷的現實使人們認識到孕期用藥的嚴重性。孕婦用藥後，多數藥物能通過胎盤進入胎兒體内。孕早期胎兒各器官尚未發育健全，功能還不完善或者沒有功能，不能很好地對藥物進行分解代謝，藥物及其代謝産物容易在體内蓄積，引起中毒，胎兒往往招架不住某些藥物的“打擊”，甚至影響各個器官的發育，導緻畸形。因此，這一時期孕婦用藥要特别小心，如果必須用藥，一定要在醫生指導下，最好選擇一些“久經考驗”的對胎兒沒有影響的藥物。
在妊娠的中晚期，胎兒各器官均已成形，用藥一般不會緻畸。但藥物的毒性仍然可以間接地通過母體，或直接地通過胎盤影響胎兒。在妊娠晚期，胎盤變薄，有利于藥物的吸收運輸，例如服用磺胺類藥物，可能過胎盤到胎兒體内蓄積，加重新生兒黃疸。
即使是某些孕婦需要的維生素類藥物，也不可自作主張地濫用。例如，在孕第12天起服用大劑量維生素A，可引起胎兒唇襲、腭裂等畸形;大劑量維生素B6可造成新生兒維生素B6依賴症，即抽搐時必須給于B6才能制止。
孕期用藥對胚胎、胎兒可能産生的損害包括：流産、大小結構上的異常、生長發育遲緩、視聽缺陷及行為異常等。
胎兒的藥物反應與孕婦所用藥物的作用、劑量、給藥時間、胎盤通透性有關，而且在很大程度上取決于藥物作用的器官或組織，以及胎兒發育的成熟度。據報道，2%的嬰兒重要器官畸形和2%的次要器官畸形與懷孕3-8周用藥有關。
為了預防和減少藥對胎兒的不良影響，孕期應該避免濫用藥物。
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