在做好根管的預備與清潔工作之後，就可以評估是否可以進行根管的充填了。根管充填強調“三維封閉”，充填時止于根尖狹窄部，并且維持根管自然形态，嚴密封閉根管内的各個解剖區域，包括冠方、根尖孔、側副根管、根尖分歧及根管内的各個不規則區域，使根管充填材料成為一個緊密整體。

關于充填預備好的根管系統，具有多種充填方法，每一種都有其優越性與複雜性。根管充填材料，一種是作為固體材料的牙膠尖，另一種是作為非固體材料的封閉劑。根據充填材料的特點，壓力變形和加熱軟化，衍生出兩種最主要的充填方法，冷牙膠側壓充填法和熱牙膠垂直加壓充填法以及其相關變異方法。

冷牙膠側方加壓法根據根管預備中最後達到工作長度的根管擴大器械選擇主牙膠尖，将主牙膠尖和根管封閉劑一起放入根管内，然後通過側方加壓使牙膠尖變形産生空間後插入副牙膠尖，再側方加壓插入的副牙膠尖，直到嚴密充填整個根管。

側方加壓法中操作時為了使封閉劑向側方和冠方移動并且使溢出根尖孔的封閉劑盡量減至最低，必須緩緩插入主牙膠。同時也排出陷入的空氣，使封閉劑全面地分布于根管壁。放入主牙膠尖後，将側方加壓器沿着主牙膠尖插入根管，到達側方加壓器上标記的長度或者比這個長度短0.5至1mm。當側方加壓到達合适的長度之後，将主牙膠尖向側方和根尖方向擠壓，在彎曲根管内，可以根據根管的彎曲程度适當減少轉動的弧度。根據所使用的側方加壓器的大小，根管的大小，根管内所形成空隙的位置選擇副牙膠尖。

熱牙膠垂直加壓充填法是把加熱軟化牙膠和垂直擠壓相結合的一種方法，熱牙膠垂直加壓法是Schilder在1967年提出來的，遵循的是小根尖大錐度的治療理念，先完成根尖段的充填，通過含牙膠量非常高加熱後流動性好的非标準牙膠尖來做主尖，加熱加壓到根尖區完成根尖的充填，取出大部分牙膠後，再用回填的方法充填剩餘根管系統。

熱牙膠垂直加壓充填法根據根管的解剖形狀選擇主牙膠尖，操作時使牙膠尖以軟化的狀态向根尖移動，使主牙膠尖與制備的根尖基質或狹窄處1至2mm處緊密貼合。一旦主牙膠尖合适，從根管中取出，放入滅菌容器中，然後用吸潮紙幹燥根管系統。仔細選擇根管擠壓器械是垂直加壓技術成熟的關鍵，除此之外，還需要選擇一根加熱器械，以便于在向根尖擠壓的過程中去掉多餘的牙膠。與側方擠壓技術相反，垂直擠壓法中根管封閉劑在根尖部分的放置應減至最低。回填要少量，以免内部形成氣泡，回填時如果加壓不及時，下段牙膠冷卻凝固，流動性降低，垂直壓力無法起作用，産生充填間隙，同時熱牙膠未經加壓，冷卻後收縮明顯，導緻微滲漏增加。

除了冷牙膠側壓充填法和熱牙膠垂直加壓充填法，在此基礎上，還産生了相關變異方法：

1、隻在根尖三分之一側方加壓充填根管，然後燒斷延伸的牙膠尖後，用幾節熱牙膠垂直加壓或者注射熱軟化牙膠垂直擠壓充填根管冠部。

2、用側方擠壓法充填根管至根管口，之後除去一段牙膠，伴随垂直擠壓根尖三分之一，然後根管冠方三分之二用側方或者垂直加壓法重新充填。

3、主牙膠尖就位後，加熱去掉牙膠尖的冠段，然後垂直擠壓根尖段。根管其餘部分用标準的側方擠壓填充法充填。

4、在主牙膠尖附近放置側方加壓器到工作長度，停留大約一分鐘使主牙膠尖與根尖緊密貼合，使用含有牙膠軟化劑的根管封閉劑，在軟化過程中，用擠壓器械按壓，使牙膠尖與根管壁緊密貼合。

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