《紅樓夢》的主體背景是明末清初，具體時間是萬曆、泰昌、天啟、崇祯、順治、康熙這幾朝，其它涉及洪武、建文、隆慶、嘉靖等個别細節，甚至秦、漢、唐等隐事。

賈母被稱作“老祖宗”​，有洪武皇帝的影子，對寶玉寵愛摩挲，是對大明江山（傳國玉）得來不易的珍惜。而賈母身上更多的是對萬曆朝的隐喻。萬曆皇帝在位48年，是明朝在位時間最長的皇帝，後期重享樂，發生了明史上著名的“國本案”。

萬曆與寵妃鄭氏偏向兒子朱常洵，卻對長子朱常洛沒有好感，而大臣們大多傾向于立長子為太子，為此争了有20多年。七十五回，賈赦講了一個笑話：

​一家子，一個兒子最孝順。偏生母親病了，各處求醫不得，便請了一個針灸的婆子來。這婆子原不知道脈理，隻說是心火，如今用針灸之法，針灸針灸就好了。這兒子慌了，便問：“心見鐵即死，如何針得？”婆子道：“不用針心，隻針肋條就是了。”兒子道：“肋條離心甚遠，怎麼就能好呢？”婆子道：“不妨事，你不知天下父母心偏的多呢。”

這個笑話很冷，甚至可以說相當蹩腳，可是作者卻設計在如此重要的場合，目的就是暗示明末“國本”​一案，諷喻萬曆皇帝對福王朱常洵的偏心，甚至不惜得罪大臣們，非要越過長子朱常洛立福王為太子。當然，最終還是由朱常洛繼承了大寶。

長子朱常洛是萬曆偶然臨幸宮女所生，因此萬曆皇帝才不愛這個兒子。此節風流韻事也被寫進小說，就是寶玉的小厮茗煙按着一個女孩子雲雨之事。那女孩兒叫“卐兒”，“卐”俗稱“萬字不到頭”，即萬曆之意。茗煙是大明朝化煙的意思，所以史書有雲：明實亡于萬曆。

賈母在枕霞閣講了一個關于她自己的故事，說是她掉在水裡，額頭磕在木樁子上，落下一個指頭肚大的窩。這時鳳姐湊趣說：“可知老祖宗從小兒的福壽就不小。神差鬼使碰出那個窩兒來，好盛福壽的。壽星老兒頭上原是一個窩兒，因為萬福萬壽盛滿了，所以倒凸高出些來了。”此處“萬福萬壽”​與張道士口稱賈母“萬福萬壽”都是暗點“萬曆”二字。

秦可卿的故事背景是泰昌時期。泰昌帝被稱為“一月天子”，在明朝十六位皇帝中屬于來也匆匆，去也匆匆的特殊一位。他不受父親萬曆皇帝的待見，跟“養生堂”抱來的孩子似的，好容易做了天子，就開始放縱起來，結果當上皇帝才十幾天，就因為臨幸後宮而卧床不起。這樣的故事與秦可卿“情既相逢必主淫”“淫喪天香樓”是一緻的。

秦可卿死前吃不下飯，卻能克化動“棗泥餡的山藥糕”，實在無理。作者借此暗諷朱常洛的“紅丸案”，他臨幸宮女導緻身體被掏空，又被誤診為上火，吃藥後腹瀉，一天換好幾件衣服。最後，鴻胪寺卿李可灼進一粒紅色藥丸，他覺得“倒像是能克化的動”，于是傍晚又吃一顆，第二天早上上便傳來皇帝駕崩的消息。

秦可卿逝後，背景就到了天啟一朝，王熙鳳就開始協理甯國府，掌握賈府大權（戴權）。但王熙鳳卻不是天啟皇帝，而是掌握大權的魏忠賢。《冰山記》是張岱的著名散文，其描寫對象就是魏珰（魏忠賢），這讓讀者很容易就聯想到王熙鳳在十二钗圖冊裡的“冰山”。鳳是上古雄鳥，可是判詞裡卻說王熙鳳是一隻“雌鳳”，說明這個人“不雄不雌”。

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