我國高校主管部門,可以分為國家教委所屬院校、中央各部委所屬院校和各省、市屬地方院校。
20世紀50年代初期，很多高校由部委和地方分别管理，通常分為教育部所屬高校、中央部委所屬高校和地方所屬高校三種類型。1992年後，部門辦學的趨勢減弱，中央和地方兩級辦學的新格局逐步形成。目前大體分為兩種：中央部屬高校、地方所屬高校。這兩類院校在專業劃分學校規模和畢業分配方向上存在着很多不同。
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中央部署
中華人民共和國中央部門（單位）直屬高等學校，簡稱“中央部屬高校”，是指中華人民共和國國務院組成部門及其直屬機構在全國範圍内直屬管理一批高等學校，目的是在探索改革上先走一步，在提高教學、科學研究和社會服務方面發揮示範和引導作用。
目前，全國共有中央部委直屬高校一百多所，其中，82所（含分校）劃歸教育部直屬管理，其餘劃歸中央其他部委直屬管理。比如，清華大學、北京大學、北京科技大學等都是教育部直屬的。另如，北京清華大學醫學部、大連海事大學、中國人民公安大學、外交學院、中國民航大學等，分别直屬衛生部、交通部、公安部、外交部、民航總局等其他部委。
教育部直屬高等學校
中華人民共和國教育部直屬高等學校指由中華人民共和國教育部直屬管理的一批高等學校，是中央部門直屬高等學校的重要組成部分。目前全國範圍共有75所高校。
二十世紀末，經過高校管理體制的調整，中國高等學校形成了中央政府和省級地方政府兩級管理，以省級政府統籌管理為主的新體制。除少數關系國家發展全局的高校以及行業特殊性強的高校繼續由國務院委托教育部和其他少數部門管理外，多數高校由地方管理或以地方管理為主。
二十世紀末，經過高校管理體制的調整，中國高等學校形成了中央政府和省級地方政府兩級管理，以省級政府統籌管理為主的新體制。除少數關系國家發展全局的高校以及行業特殊性強的高校繼續由國務院委托教育部和其他少數部門管理外，多數高校由地方管理或以地方管理為主。
教育部直接管理一批高等院校，目的是在探索改革上先走一步，在提高教學、科研和社會服務等方面發揮示範作用。經過世紀之交全國高校管理體制的調整，一批實力較強、學科特色鮮明的高校劃歸教育部管理，建國以來國家曆次所确定的重點大學多為教育部直屬高校。
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