自從西晉皇甫谧《針灸甲乙經·序》第一次提到《神農本草經》書名之後，張華《博物志》将其簡言之為《神農經》，其中傳載藥物的内容經南朝齊梁陶弘景對當時載藥分别為“595種、441種、319種”，至少三種不同傳本的《神農本草經》進行整合，從中選定了365味藥物及其内容，又從《名醫别錄》中選擇了365味藥物及其内容，共計730種，在保留上、中、下三品分類的基礎上，根據藥物的自然狀态及臨床所用，創造性地将藥物分為玉石、草木、蟲獸、果、菜、米食及有名無用七大類。陶氏為了區分兩種底本不同資料源的内容，采用“朱文”和“墨文”兩色書寫方式予以标記，這為後世識别《神農本草經》的原貌有十分重要的文獻學價值。這就是他所說的“苞綜諸經，研括煩省，以《神農本草經》三品，合三百六十五種為主”(《本草經集注·序》)，此乃“法三百六十五度，一度應一日，以成一歲”（《神農本草經·序》）。顯然，“三百六十五種”之數是陶弘景确定的，《神農本草經·序》文中的“三百六十五種，法三百六十五度”也應當是出于陶氏之筆，隻要認真研讀兩書之序，是不難得出這一結論的。

《隋書·經籍志》雖然轉引了梁國阮孝緒《七錄》中的五種《神農本草經》和9種《本草經》書名，但卻無法知曉這14種古“本草”文獻的具體内容。唐初經蘇敬等人在陶弘景《本草經集注》的基礎上，補充了隋唐時期所增的藥物，修編了世界上第一部由政府頒行的藥典——《新修本草》（公元659年），又稱為《唐本草》，共54卷，收載850種藥物，并将陶氏的七類分法調整為玉、石、草、木、禽獸、蟲魚、果、菜、米谷和有名無用9類。在此同時，蘇敬等人又親自繪制和征集了相應的藥圖，編著了第一部藥物圖譜，這就是世傳的《本草圖經》。作為獨立傳本的《神農本草經》在《唐書·藝文志》中仍著錄有3卷本和署名雷公集注的4卷本兩種。為何從隋代至唐代著錄的《神農本草經》傳本數目減少了呢？最主要的個中原因是經過陶弘景和蘇敬等人的精心整理修訂，使本草的内容趨于全面、詳盡、适用、規範，未經過整治的古本《神農本草經》也就失去了存世的價值。這可能是著錄數量減少的最主要因素。其次，因戰亂丢失，以及唐以前的各類文獻書籍均為手抄本而不便于收藏等，也是十分可能的原因。

北宋初期，經劉翰等人，取《新修本草》、《蜀本草》校訂，又參以《本草拾遺》内容，修編成《開元本草》（公元973年）。次年李昉予以重新修訂，名曰《重訂開元本草》，據其序言稱：镂版時“以白字為‘神農’（注：指《神農本草經》）所說，以黑字為‘名醫’（注：指《名醫别錄》）所傳，‘唐’（注：指《新修本草》，又名《唐本草》）附。今附（注：指《重訂天寶本草》所增），各加顯注，詳其解釋”，全書共收載藥物983種，此書已佚，但其内容被收錄于唐慎微的《經史證類備急本草》。可見，《重訂開元本草》收錄《神農本草經》内容可能有三個途徑：一是此書作者在修編時還見到《唐書·藝文志》注錄中的《神農本草經》原著，因為在李昉編撰的《太平禦覽》（公元976年~983年）所載《經史》圖書綱目中還有《神農本草經》的書名。李昉對《重訂開元本草》重新修訂時參閱了該書内容，其“序”言之“以‘白’字為‘神農’所說”亦可為此判斷之佐證。二是憑借《新修本草》中傳載的相關内容。三是依據陶弘景《本草經集注》的内容。

之所以認為《重訂開元本草》中有關《神農本草經》的内容取材于《本草經集注》的判斷有兩點理由：其一，陶弘景的《本草經集注》是從《神農本草經》和《名醫别錄》中各選365種藥物集注而成，而《重訂開元本草》所載的983種藥物内容也是以這兩書為主。其二，李昉等人借鑒了陶氏以朱、黑兩色區别不同資料源的做法，讓當時及後來者能識别《神農本草經》的古樸風貌。雖然《神農本草經》在北宋初期還尚存于世，但在天聖年間編撰的《崇文總目》（公元1023年~1031年）以及嘉祐五年（公元1060年）掌禹錫編著的《嘉祐補注本草》所引《書傳》中均無其書名，說明在北宋中期，此書已經亡佚，這也就是《宋史·藝文志》中沒有著錄的緣由了。

《經史證類備急本草》是蜀地出生于祖傳醫家唐慎微編撰而成（公元1056年~1093年），後來在大觀二年（公元1108年）、政和六年（公元1116年）和紹興二十九年（公元1159年）三次大的修定，更名為《重修政和經史證類備用本草》（人民衛生出版社，1955年影印本。以下簡稱《證類本草》）。這也是當今人們能閱讀到的《證類本草》。本書是以《嘉祐補注本草》為基礎，總結了宋代以前藥物學成就，共收載藥物1746種，仍以“白文”與“黑文”區别《神農本草經》的古文獻與别本文獻。

《證類本草》在中國藥物史上具有承前啟後的裡程碑地位，無論是對後來在海内外産生過廣泛影響的《本草綱目》誕生，還是對後人輯錄《神農本草經》都産生了巨大的作用和深遠的影響。若僅就後世多個輯錄《神農本草經》版本言之，陶弘景的《本草經集注》是文獻取材的源頭，人們無法從現存文獻中覓尋比其更早的完整文獻了。唐初《新修本草》和《證類本草》則是取材的重要依據，尤其是後者。根據尚志鈞先生考證，明代的盧複、清代的孫星衍和孫馮翼、黃奭、王闿運、姜國伊以及日本國的狩谷望之志和森立之等人所輯錄的《神農本草經》本，悉以《證類本草》的“白文”為主，參以别本所載“本草”内容的文獻（如《太平禦覽》等）整理而成。正因為各種輯錄本中三品365種藥物的主體内容源于《證類本草》的“白文”，而諸如藥物的産地、生長環境、别名等相關文獻參考了别的文獻資料源，加之流傳轉抄的原因，這就使得諸家《神農本草經》輯錄本之内容出現了大同小異的緣故。

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