第一，他們對于知識的記錄内容要求不同。知識樹記錄的為課程知識或是簡化的内容，需要記錄大量的文字信息。如果要對一本書作知識樹，可以根據書的目錄進行制作，然後再把相關的知識添加進去。所需要記錄的信息量很大。而作為思維導圖的發展是有一個中心的主題或知識點開始，向四周放射性擴展和記錄所有的與中心主題或知識點，及其相關的内容的關鍵詞，以及圖片圖表等等。思維導圖記錄的語言文字相對比較少，因為裡面的關鍵詞，都是與所學課程資料息息相關的信息，往往一幅思維導圖就能夠包含整個課程的主要的關鍵性的信息資料。

第二，知識樹在人的大腦的思維模式上，屬于線性思維。整個的知識架構偏向一個方向發展，知識架構的樣式如同一個樹的剖面圖。也正是因為如此人們把這種知識加構成做知識樹。優點：整個知識圖看起來比較符合人們傳統的思維方式，因而覺得比較美觀。缺點，如同大綱一樣，很難使人對于整個的知識架構一個整體的全面的了解和認識。不同的知識點之間的前後上下聯系，很難表現出來。思維導圖整個圖形呈放射性結構，符合大腦的放射性思維模式，它更加的符合大腦神經細胞的生理結構，而且也符合大腦記憶的原理和機制模式。整個思維導圖看起來就是整個所要掌握的知識的學習地圖。知識點和不同分主題之間聯系可以用箭頭和符号，進行表示和連接。通過閱讀思維導圖可以使人對整個知識結構做出整體性的認識和了解。缺點，對于對思維導圖沒有了解和認識的可能，覺得比較混亂。這點可以通過别人對于思維導圖的講解和在自己使用思維導圖過程中，很快消失。

第三，知識樹在大腦潛能開發方面，并沒有什麼特别的地方。所使用的主要還是人的左腦的部分功能，偏重于線性思維，邏輯關系，詞彙、數字等。思維導圖是全腦開發，除了左腦的語言文字、邏輯關系、詞彙、數字等，同時也使用的右腦的色彩、圖像、符号、韻律、節奏等。對大腦的潛能的開發起到了積極有效的促進作用。經常的在個人的學習和生活中應用思維導圖，對于人的思維模式和思考方式，特别是在創造性思維的培養和提高解決問題的能力方面，都會起到潛移默化的影響。

第四，知識樹的表現形式，樣式比較單一，不同的人制作的知識樹沒有什麼特别的變化。無法表現出不同的人對于知識的掌握和理解情況。針對于思維導圖，不同的人繪制的思維導圖，因為不同的人的知識背景，對問題的看法的不同的，所以制作的思維導圖，也不盡相同。它更加的展現了不同的人的思維模式和思考問題的方式。所以說思維導圖是一個比較個性化的學習工具。

第五，在于知識共享和團隊學習、合作方面，知識樹很難在這方面發揮什麼作用。而作為思維導圖制作，可以讓所有的參加學習分組進行合作共同制作集體的思維導圖。通過制作集體的思維導圖讓所有的人獲得更深的學習體驗，也因此達到節省時間和成本，促進學習小組成員之間的交流和溝通達到知識共享的目标。

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