腹瀉是症狀，根本治療要針對病因。認識腹瀉的發病機理有助于掌握治療原則。
（一）病因治療 不言而喻，腸道感染引起的腹瀉必需抗感染治療，以針對病原體的抗菌治療最為理想。複方新諾明、氟哌酸（諾氟沙星）、環丙氟哌酸（環丙沙星）、氟嗪酸（氧氟沙星）對菌痢，沙門菌或産毒性大腸杆菌，螺杆菌感染有效，甲硝唑對溶組織阿米巴、梨形鞭毛蟲感染有效，因此，這數種藥物常用于急性感染性腹瀉，包括預防和治療所謂旅行者腹瀉。治療乳糖不耐受症和麥膠性乳糜瀉所緻的腹瀉在飲食中分别剔除乳糖或麥膠類成發。高滲性腹瀉的的治療原則是停食或停用造成高滲的食物或藥物。分泌性腹瀉易緻嚴重脫水和電解質丢失，除消除病因，還應積極由口服和靜脈補充鹽類和葡萄糖溶液，糾正脫水。膽鹽重吸收障礙引起的結腸腹瀉可用消膽胺吸附膽汁酸而止瀉。治療膽汁酸缺乏所緻的脂肪瀉，可用中鍊脂肪代替日常食用的長鍊脂肪，因前者不需經結合膽鹽水解和微膠粒形成等過程而直接經門靜脈系統吸收。
（二）對症治療 選擇藥物時，應避免成瘾性藥物，必要時也隻能短暫使用。病因治療是主要的，凡病因不明者，盡管經對症治療後症狀已有好轉，絕不可放松或取消應有的檢查步驟，對尚未排除惡性疾病的病例尤其如此。
1.止瀉藥 常用的有活性炭、鞣酸蛋白、次碳酸铋、氫氧化鋁凝膠等，日服3～4次。藥效較強的複方樟腦酊（3～5ml）和可待因（0.03g），每日2～3次。因久用可成瘾，故隻短期适用于腹瀉過頻的病倒。複方苯乙哌酊（每片含苯乙哌啶2.5mg和阿托品0.025mg），每次1～2片，2～4/d，此藥有加強中樞抑制的作用，不宜與巴比妥類、阿片類藥物合用。氯苯哌酰胺（咯派丁胺，loperamide）的藥效較複方苯乙哌啶更強且持久，不含阿托品，較少中樞反應。初服4mg，以後調整劑量至大便次數減至1～2次/d，日量不宜超過8mg。培菲康可調節腸道功能。
2.解痙止痛劑 可選用阿托品、普魯本辛、山莨菪堿、普魯卡因等藥。
3.鎮靜藥 可選用安定、利眠甯、苯巴比妥類藥物。
4.調節腸道植物神經紊亂藥 可選解郁抗慮膠囊等藥物。
5.中成藥：參倍固腸膠囊。
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