生物分類學（英語：biotaxonomy）通常直接稱分類學（英語：taxonomy；法語：taxonomie；西班牙語：taxonomía），是關于生物個體的鑒定（identification）、歸類（classification）和命名（nomenclature）的原理和方法的學科；此三要件間有相互依存的關系。生物分類學範圍包括：研究生物類群間的異同程度，闡明生物間的親緣關系、演化過程和發展規律。

要将生物分類，首先要知道生物與非生物的定義，但是我們似乎沒有辦法準确定義，以病毒來說，雖然可在其他生物體内寄生并複制，但在生物體外卻沒有一般生物的特征如制造或攝取營養，生殖等現象。又如引起瘋牛病的朊粒（prion）可以造成感染卻無DNA成分，一直以來，DNA被視為生命遺傳物質，經由與RNA的轉錄轉譯過程，形成蛋白質，再進一步形成組成細胞的各個部分，如細胞膜、胞器等，而細胞則是我們長久以來所認為組成生命體的最小單位。

關于如何為生物命名的原則有很多國際協議，例如《國際植物命名法規》（International Code of Botanical Nomenclature，簡稱ICBN）、《國際動物命名法規》（International Code of Zoological Nomenclature，簡稱ICZN）以及《國際細菌命名法規》（International Code of Nomenclature of Bacteria，簡稱ICNB）。第四版的生物命名法規（BioCode）草案在2000年出版，它試圖在5個領域标準化命名，但現在還沒有被正式采納。《國際病毒命名和分類法規》（International Code of Virus Classification and Nomenclature，簡稱ICVCN）是屬于生物命名法規的。

傳統上，生物分為五界(kingdom)，

• 原核生物界(bacteria) -- 原生生物界(protista) -- 真菌界(fungus) -- 植物界(plant) -- 動物界(animal)

Copeland提出過四界說：

• 原核生物界 -- 原生生物界 -- 植物界 -- 動物界

也有人使用三域系統說。這種分類方法是依據細胞是否有核以及細胞膜和細胞壁的差異。

• 古菌域(archaea) -- 細菌域(bacteria) -- 真核域(eukaryota)

另有一些不屬于上述所有分類的介于生物和非生物之間的生命形式，即隻能寄生于細胞内的病毒，而它們在細胞外并不表現出活躍的生命形式。

• 病毒 -- 類病毒 -- 朊粒

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