養魚先養水其實是套用水産養殖的用語。在水産養殖中，養魚先養水是養殖戶的傳統觀念，指在未放養魚類之前，事先在養殖池中培養有益微生物，或是其他有利于養殖生态功能的生物群落等，借以穩定水質。其中最主要的目的，在于藉由自營性微生物之培養，用來防範發生氨的過度累積。

氨與硫化氫都是養殖污染的二次産物，它們同樣是劇毒性化學物質，不過由于硫化氫的化學性質相當活潑，既容易被氧化分解，又易與礦物離子發生沉澱反應使其毒性消失，再加上其産量又比氨少得多，所以硫化氫在好氣養殖系統中所造成的傷害事件相當罕見。反觀氨的化學性質則相當安定，且易溶于水，使氨很容易在養殖池中被累積起來，以緻氨常被視為是漁業養殖的頭号隐形殺手，同時也是水奎養殖急欲消除的對象。在水族缸的養殖也有相似的情形。

雖然現在幾乎所有的養殖戶，都知道早期肥水的重要性(早期肥水的目的是建立微生态平衡)，主要在營造良好的微藻相(單細胞綠凜)，然後再利用微藻相消除氨的特性，将氨污染控制在養殖安全範圈之内。因此在水産養殖的領域，養水的目标微生物是以微藻相的建立為主，因為微藻類也是自營性微生物之一， 可以吸收氨作為氮肥。

在做法上，通常在尚未放魚苗之前約7~10天左右，利用日光作為能源，先在養殖池中施肥(早期常使用水肥，現在都改用化肥)，借以促進浮遊單胞藻的生長，并希望成功培養一池良好的藻相(水色以嫩綠色為主)，用來吸收水體中的氨及營養鹽，借以築構水質穩定的自淨作用機制，進而避免放養初期發生氨毒害的意外。

畢竟水族缸養殖不同于水産養殖，不能依賴培養特定藻相來作為消除氨的機制，因為水族缸養殖是用來欣賞的，任誰也無法忍受滿缸綠水在水族缸形成。因此針對水族缸養殖所需求的養水，不應是藻相的建立，而是另一種自營性微生物的培養，這種微生物叫「硝化細菌」。

硝化細菌是一種專門靠攝取氨維生的細菌，藉由氧将氨氧化可生産能量，硝化細菌可利用該能量從二氧化碳裂變成有機物，同時将氨給消除掉。硝化細菌可以自生于水族缸，隻要水族缸有氨的存在，這種微生物就能自生其中。不過您可能會問：在尚未放養觀賞魚及饑食之前，水族缸從那兒衍生出氨來培養硝化細菌？答案是：飼主必須設法提供氨的來源，才能順利培養出足夠的硝化細菌。飼主在尚未養魚之前，為提供氨的來源，在做法上可以有多種不同的選擇。

舉例來說，傳統上是将一塊足夠大的魚肉，或一條死魚置放于水族缸中，它們主要的成分是蛋白質。蛋白質是一種含氮有機物，當蛋白質被分解腐爛時意即異營性細菌将它分解時)，最後将它們的氮原子以氨的形态釋放出來。氨很快地溶解于水中，被儲藏起來，可供培養硝化細菌之用。

由于硝化細菌生長及繁殖速度相當緩慢，甚至比單細胞綠藻還要來得慢，若想在水族缸培養出足夠數量的硝化細菌，少說也要一個半月(6星期)的時間才能達到目的，所以上述的培養操作必須持續進行6~7星期才能終止，然後再把殘留的魚肉或魚屍取出即成。

培養期間，不換水，但需打氣或至少要讓過濾器不停運轉，借以維持水體的好氣狀态。這些做完以後，需倒掉缸水，重新加入除氯自來水，即可開始放養魚類及進行正常的養殖。因為硝化細菌有附着生長的替性，絕大部分的硝化細菌均會附着在砂層及濾材等固體表面，所以不必擔心引出缸水之後，硝化細菌有流失。

從以上幾點可以看出，針對水族缸的養殖系統所說的養魚先養水之真正含義，其實就是指在尚未養魚之前，先在水族缸中培養足夠的硝化細菌而言。它與在尚未養魚之前，先建立硝化系統所代表的意義，應該是極為相似的，二者的操作目的都是在預防養殖初期發生氨毒害意外。隻不過硝化系統之建立，有時可借用硝化細菌裝劑的添加，得以在短期内就能達到目标，不一定需要另外再培養，因此可以大為縮短正常養殖的時間。

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