日本曆史上共有三個幕府政權：鐮倉幕府、室町幕府、江戶幕府，後世一般也将這三個幕府相提并論。然而江戶幕府與鐮倉幕府、室町幕府甚至都不是同一種類型的政權。這一點在天皇與幕府的關系上就有體現，天皇與江戶幕府的關系和鐮倉幕府、室町幕府存在很大不同。

很多人都認為日本天皇是被幕府架空成政治吉祥物的，但這個印象與曆史之間存在些許誤差。實際上日本天皇早在幕府出現之前的幾百年就已經先後被“攝關”和“院政”架空為政治吉祥物了，而幕府架空的是包括天皇在内的整個朝廷，将日本的統治權控制在武士階層的手中。

雖然都是架空整個朝廷，但鐮倉幕府、室町幕府與江戶幕府還是不一樣的。鐮倉幕府與天皇朝廷是一種“公武并行制”，天皇朝廷依然控制了一定數量的領地和實權，隻是無法與鐮倉幕府抗衡。鐮倉時代的天皇算是一個被幕府壓制的地方政權，因此天皇能搞所謂的“禦謀反”。

室町幕府時期，因為北朝是靠室町幕府建立并世襲壟斷天皇之位的，所以天皇在室町時期的政治影響力大幅削弱，但與幕府的關系更為親近。室町時代的天皇算是與幕府結盟的政治勢力，雖然政治影響力大幅削弱，但在經濟上還能勉強保持自給自足，直到戰國時代的到來。

到了戰國時代，天皇朝廷控制的少數領地都被武士搶走了，政治影響力趨近于零。斷了财源的天皇朝廷更是淪落到要依靠賣官鬻爵乃至嫔妃宮女賣身來賺錢糊口的地步，大批的公卿更是成了職業“丐幫”。這種窘困局面直到織田信長上落後才有所改變，因為織田信長給了錢。

然而織田信長可不是慈善家，他雖然給了天皇朝廷大量的财物，但卻拒絕歸還天皇朝廷被搶走的領地。這樣一來，天皇朝廷的财源基本被武士政權控制，經濟上的獨立性随之降低。後來的豐臣秀吉将織田信長的對待天皇的方法發揚光大，基本消滅了天皇朝廷的經濟獨立性。

德川家康的江戶幕府則将織田信長和豐臣秀吉的成果制度化，将天皇朝廷的财政收入徹底變成了幕府财政支出的一部分，即江戶幕府每年給整個天皇朝廷十萬石（後來增加到二十萬石）的工資。而除了江戶幕府給的工資和獎金之外，天皇朝廷幾乎沒有其他來源的收入了。

正因如此，江戶時代的天皇實際上變成了幕府的“打工仔”，連日常言行都要受到幕府制定的《禁中并公家諸法度》的嚴格限制。江戶時期的天皇也想過通過開拓其它财源來擺脫幕府的控制，但立刻會遭到來自于幕府的強力打擊，比如寬永四年（1627年）的“紫衣敕許事件”。

綜合來講，相比于鐮倉幕府、室町幕府，江戶幕府對天皇的控制力是空前加強的。天皇與幕府關系從鐮倉時代的與幕府平等、室町時代的勉強自足，最終到了江戶時代徹底淪為“打工仔”。要不是中下層武士後來選擇抛棄了江戶幕府，天皇恐怕難逃被廢的結局。

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