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dna病毒高通量測序技術

如果不是那場突發腦炎，22歲的唐山萬航國際船務代理公司菲律賓籍船員Vicoy可能永遠想不到會和二代基因測序發生關系。

當時Vicoy在船上工作，6月2日發現自己左側胳膊和腿沒了力氣，還頭疼。

3日，他被送往曹妃甸區醫院。治療數天，Vicoy左側肢體癱瘓症狀加重，又開始發熱。8日，他被轉到唐山市的三甲醫院——華北理工大學附屬醫院。神經内科的管床醫師毛文靜是Vicoy的主治醫生。她記得，剛來醫院時，他左側肢體幾乎完全癱瘓，雙側瞳孔不等大。

腰穿之後，醫生看到了呈微黃色的腦脊液。“這絕對有問題。” Vicoy腦脊液白細胞含量高，但糖含量低。“我們初步判斷這是腦膜炎引發腦組織壞死，但腦炎性質不是很确定。”9日，憑着臨床經驗，醫生給Vicoy使用了抗結核藥物治療。

但是，還不能确診。

醫生用常規方法檢測結核菌，始終沒找到。“塗片染色、細菌培養，都沒用。”始作俑者一直身份不明。病人病情穩定了下來，可是依然發熱。醫院神經内科主任劉斌教授知道，重症顱内感染病情兇險，如果遲遲無法對症治療，病人将有生命危險。

得搬救兵。6月12日，劉斌聯系了北京協和醫院神經内科教授關鴻志。他還有另一重身份。協和醫院神經科從2014年起和華大基因研究院合作，在國内首先開展腦脊液二代測序，用于中樞神經系統感染性疾病的病原體篩查。關鴻志正是這個項目的負責人。

“腦脊液二代測序技術，我們在國際上都領先。”8月27日，關鴻志接受科技日報記者采訪時說。

二代測序是一種新型核酸測序手段，它為高通量測序，可以同時測定幾百萬甚至上億條DNA或RNA序列，大大加快了全基因組測序的速度，也使無靶向的病原體廣泛篩查成為可能。傳統檢查技術，是懷疑什麼查什麼，一種一種試；二代測序技術，則是“一鍋端”，它既“廣”，也“快”。

關鴻志建議，用二代基因測序技術試試。6月22日下午，天津華大基因交付病原組統籌人員李媛收到了Vicoy的腦脊液樣本。二代測序技術會檢測出這份腦脊液樣本中所有核酸序列，之後與病原體基因組數據庫進行比對和分析，從而确定感染病原體。一般來說，它需要48小時。這一例，華大基因做了加急處理。23日晚上，檢測報告出爐。

腦脊液中檢出了結核分支杆菌，病人患的确實是結核性腦膜炎。

至此，讓Vicoy發熱頭疼的“元兇”才終于露面。院方緊急加強抗結核治療。強化治療兩三天後，Vicoy的發熱症狀減輕。

其實，超過一半的中樞神經感染病例都無法明确找出病因，通用方法是進行經驗性治療。“作為一種分子診斷手段，基因檢測為确定中樞神經感染病原體提供了精準結果，非常有意義。”關鴻志說。

不過，病原體基因組數據庫還需不斷完善，做到本地化。關鴻志舉例道，在我國豬縧蟲和曼氏裂頭蚴是較常見的神經中樞系統寄生蟲感染類型，但是目前尚沒有這兩種寄生蟲的全基因組數據。在獲得其全基因組數據前，隻能将已知的部分基因序列加入數據庫中用于比對，這可能會降低檢測的敏感度。

“而且，光測沒用，還要會‘分析’。不然數據隻是數據，它躺在那，沒用。”關鴻志表示，提高檢測數據的分析和解讀水平，也是助推技術臨床轉化的關鍵。

7月中旬，Vicoy出院。這場中國看病旅程，終于有驚無險，平穩結束。（記者 張蓋倫）

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