細菌和真菌的名稱中均有一個“菌”字，同屬微生物，但兩者在生物類型、結構、大小、增殖方式和名稱上卻有着諸多不同。
一、定義
1、細菌：沒有核膜包圍形成的細胞核，屬于原核生物，結構簡單，多以二分裂方式進行繁殖，在自然界分布最廣、個體數量最多的有機體，是大自然物質循環的主要參與者。
2、真菌：有核膜包圍形成的細胞核，屬于真核生物，真菌既有由單個細胞構成的單細胞型生物（如酵母菌），也有由多個細胞構成的多細胞型生物（如食用菌、黴菌等）。
真核細胞與原核細胞對比
二、細胞結構：它們的細胞結構中都具有細胞壁、細胞膜、細胞質，但卻存在諸多不同。
1、細胞壁組成：細菌細胞壁的主要成分是肽聚糖，而真菌細胞壁的主要成分是幾丁質。
2、細胞器組成：細菌隻有核糖體一種細胞器；而真菌除具有核糖體外，還有内質網、高爾基體、線粒體、中心體等多種細胞器。
3、細胞核：細菌沒有成形的細胞核，隻有拟核；真菌具有成型的細胞核。細菌沒有染色體，其DNA分子單獨存在；真菌細胞核中的DNA與蛋白質結合在一起形成染色體（染色質）。
4、大小：細菌的原核細胞一般較小，直徑一般為1μm~10μm；真菌的真核細胞較大，直徑一般為10μm~100μm。
5、繁殖方式：細菌是原核生物，為單細胞型生物，通過細胞分裂而增殖，采用二分裂方式；真菌為真核生物，細胞的增殖主要通過有絲分裂進行，因真菌種類的不同其個體增殖方式主要有出芽生殖（如酵母菌）和孢子生殖（食用菌）等方式。
三、症狀表現
1、細菌性病害：細菌通過植株的氣孔、傷口等處侵入，初期病斑水漬狀或油漬狀邊緣，半透明，病斑上有菌膿外溢，病斑表面光滑，這是診斷細菌性病害的主要依據。發病後的植株一般表現為斑點、腐爛、壞死、萎蔫、腫瘤等。
細菌性病害的一般特征
2、真菌性病害：主要症狀是壞死、腐爛和萎焉，少數畸形。植株上一般都産生白粉層、黑粉層、霜黴層、鏽孢子堆、菌核、黴狀物、磨菇狀物、棉絮狀物、顆粒狀物、繩索狀物、粘質粒和小黑點。無論發生在什麼部位，症狀表現如何，在潮濕的條件下都有菌絲、孢子産生，這是判斷真菌性病害的主要依據。
真菌性病害的一般特征
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