烏龜生活的水體要清新，水的透明度要在30厘米左右。龜是變溫動物，水溫變化會直接影響龜體溫度的變化，因此，水深要随季節而增減。春季溫度較低，水要淺；夏季溫度高，水要深，秋季水溫逐漸下降，水又要淺；冬季水位要穩定，因為龜的體溫随氣溫、水溫的升降而變化，如果氣溫劇烈下降，水位時高時低，龜隻能用自身積累的營養物質來調節體溫，當體内營養物質消耗盡時，就會死亡。
一般飼養水龜多用自來水，基本上屬于中性水，其硬度、酸堿度都符合飼養水龜的要求，所以在這方面不必過多擔心（除一些例外品種，如鑽文，瑪塔，日本石龜，釘頸等），但是，自來水用來飼養水龜時，必須除掉其中的氯氣。主要方法是晾曬法、化學法。晾曬法即在烈日下曬二天，或者在缺光處晾4一6天才可使用。化學法即用硫代硫酸鈉除氯，其比例為每10公斤水加1克硫代硫酸鈉，攪拌溶解後，即可使用。
在說龜殼上的水堿前，先說說水堿的形成。我們使用的自來水多數為硬水，其中含大量鈣、鎂離子，當硬水被加熱或蒸發時，水中溶解的鈣離子和鎂離子與某些酸根離子形成了不溶于水的化合物或混合物，其主要成分是碳酸鈣。不能溶解的碳酸鈣等物質從水中析出而形成沉澱，這就是人們常說的水堿。水堿覆蓋在龜殼上，不但是影響了美觀，更重要的是阻礙了龜殼的正常呼吸，影響殼的健康生長，所以龜殼上的水堿要及時清除。清除水堿的酸性物質有很多種，但給龜殼清除水堿，要選用安全的酸性物質，如可樂、雪碧、食用醋等。
用食用醋清除龜殼上的水堿。操作方法：用牙刷沾上适量的食用醋，然後在有水堿的部位，順時針或逆時針反複刷洗，最後用清水沖淨龜體上的污汁。待龜殼幹透後檢查，如水堿還有，可反複用上述方法刷洗幾次，直到水堿完全去除。牙刷用新的（舊牙刷的毛倒了，刷洗效果差），如是小苗，選用較軟的牙刷，最好是有毛尖尖的軟毛牙刷。
用可樂、雪碧清除龜殼水堿的操作方法同上。較重的水堿，選用食用醋清除，特别嚴重的水堿，先用手術刀等工具打磨，然後再用上述方法進一步清除。
有的龜友害怕水堿，提出用純淨水飼養龜，行不行呢？純淨水，就是所謂的純水了，不含有雜質，也就是說純淨水裡缺少動物體所需的礦物質。所以，用純淨水養龜，就等于讓龜長期飲用純水，對龜來說應該是弊大于益。
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