雲南江河縱橫，水系十分複雜。全省大小河流共600多條，其中較大的有180條，多為入海河流的上遊。它們集水面積遍于全省，分别屬于六大水系：伊洛瓦底江水系，怒江水系，瀾滄江水系，金沙江水系，元江水系，南盤江水系，分别注入三海和三灣：安達曼海、莫踏馬灣、孟加拉灣、東海、北部灣、南海；歸到兩大洋：印度洋和太平洋。六大水系中，除南盤江，元江的源頭在雲南境内，其餘均為過境河流，發源于青藏高原。六大水系中，南盤江-珠江，金沙江-長江為國内河流，獨龍江-大盈江-瑞麗江-伊洛瓦底江和怒江、瀾滄江、元江是國際河流，分别流經老、緬、泰、柬、越等國入海。如此複雜的水組合是其他省區所沒有的。與國内多數江河由西向東的流向不同，雲南江河的另一特點是其流向由北向南流。

伊洛瓦底江水系是中、緬國際水系，幹流在緬甸東北部，由緬甸中部注入安達曼海，彙入印度洋。在雲南省内流經怒江州、保山地區和德宏州，省内全長約600餘公裡，流域面積18.792平方千米，占全流域的4.6%。多年平均徑流總量363億平方米，是雲南省6大水系中單位面積産水量最豐富、彙水面積最小的水系，在雲南境内的主要河流有獨龍江、龍江、大盈江、瑞麗江等。

怒江 水系

怒江水系為中緬國際水系，民間有因谷深流急、江聲咆哮如怒吼而得名之說。發源于青藏高原的唐古拉山南麓，經西藏東南部流入雲南境内，縱貫怒江州，保山地區、臨滄地區的西 北部和德宏州的東南部，在雲南潞西市出境入緬甸，稱薩爾溫江，在緬甸流入印度洋。在我國境内全長1540公裡，雲南省境内的幹流長547公裡，集水面積33484平方公裡，占全省總面積的8.7%。怒江流域山高谷深，支流短小，主要河流有枯柯河、南汀河、南卡江、南滾河等13條。

瀾滄江水系

瀾滄江水系是亞洲唯一曆經6國的國際河流，發源于中國青海省唐古拉山脈，經西藏昌都地區流入雲南省，在省内流經迪慶州、怒江州、大理州、保山地區，臨滄地區，思茅地區和西雙斑納州等地州，由勐臘縣出境進入老撾後稱湄公河，流經緬甸、泰國、柬埔寨，最後在越南注入南海。在我國境内全長1612公裡，其中在雲南省境内幹流長1170公裡，集水面積為88655平方公裡，占全省總面積的23.2%。流域區内主要支流有漾濞江、威遠江、曼老江、南臘河、南覽河、流沙河等33條。

金沙江水系

金沙江水系是雲南省彙水面積最大的水系，金沙江是長江上遊的河段名，因江中含有沙金而得名，發源于青海省唐古拉山，經西藏東南部和四川西南部由雲南德欽縣東北部德拉附近進入雲南，流經迪慶、麗江、大理、楚雄、曲靖、昭通等6個地州。在雲南省境内主幹流長1560公裡，集水面積109026平方公裡，占全省總面積的28.5%。幹流長度1560公裡，正常年産水量4502億立方米。金沙江水系屬長江水系，注入東海。流域内主要河流有金沙江、龍川江、螳螂川（普渡河）、小江、以禮河、牛欄江、橫江等39條。

元江水系

元江水系是中、越國際水系，因河水多含紅色泥沙，水呈紅褐色，故在中國境内又稱“紅河”。元江分為東、西兩源，東源出自雲南省祥雲縣；西源為正源，出自雲南巍山縣橫斷山脈的哀牢山東麓茅草哨，兩源彙合後稱“禮社江”，流入雲南省元江縣境内，始稱“元江”。元江流經地區有：雲南省楚雄彜族自治州、玉溪市、紅河哈尼族彜族自治州等，自河口瑤族自治縣流入越南，最後流入北部灣。元江水系有禮社江、綠汁江、把邊江、阿墨江、李仙江、南溪河、盤龍江等支流。

南盤江水系

南盤江，古代稱溫水或盤江，屬珠江水系，是珠江流域幹流西江幹流河段，發源于雲南沾益縣，流經曲靖市、昆明市、玉溪地區、紅河州，經文山州與紅河州交界至曲靖地區羅平縣的八大河出境，至貴州省望谟縣蔗香村雙江口納入北盤江，稱紅水河，于廣東虎門彙入南海。在雲南省境内的集水面積為58303平方公裡，占全省面積的15.2%，占珠江全流域面積的13%。主要支流有曲江、黃泥河、清水江、南洞河、泸江、金馬河、馬别河等7條。

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