在事業單位分類改革中，鄉鎮衛生院是唯一一個被劃分為公益一類的差額事業單位。差額事業單位具備一定的生産經營職能，在事業單位分類改革中，部分職能可能由政府購買服務代替，或者是可以由市場配置資源的單位，是典型的公益二類事業單位。但是，由于鄉鎮衛生院承擔的新農合、分級診療等基礎性公共衛生服務，又是典型的公益一類事業單位屬性。公益一類事業單位，就是指承擔基礎衛生、教育、文化、科研等公益服務的事業單位，這也是事業單位今後的主要職能和存在模式。
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在全國範圍内，也有做大做強的鄉鎮衛生院，名醫雲集，患者如雲，賺得盆滿缽滿。但是，絕大多數鄉鎮衛生院，都是經營狀況不佳，醫務工作力量弱，隻能看一些小病，做一些簡單的治療，受縣市省醫院及各類私營醫院的沖擊較大，留不住人才，留不住患者，要靠财政撥款才能維持基本運轉。
鄉鎮衛生院是差額撥款事業單位，根據經營狀況，确定撥款比例。經營收入狀況差的，99%也叫差額撥款；經營狀況良好的，5%也叫差額撥款，其性質是一樣的。财政撥款部分，除了基礎建設、設施配備維護外，主要是每年的人頭經費和工資待遇。由于鄉鎮衛生院多少都有些經營收入，因此，相對于其他事業單位來講，所需要的經費和工資都有财政兜底，反而衛生院的經營收入，可以作為績效和獎金，其待遇反而比其他事業單位人員略高。
根據2017年《事業單位分類改革方案》規定，在2020年底以前，縣級以上公立醫院會取消編制，隻保留事業單位屬性，實行編制備案制管理，實現同工同酬，增強專業技術人員的合理流動性。縣中醫醫院也會參照改革，而社區衛生服務中心、婦幼保健站、衛生防疫中心、疾控中心等醫療服務單位，剝離經營職能，将公益服務職能随同其他事業單位，整合成立“ 社會綜合服務中心”，成為全額撥款的事業單位。鄉鎮衛生院繼續保持差額撥款事業單位的性質，發揮基礎醫療衛生職能。
創意配圖：事業編制
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