目前已知藍鲸至少有三個亞種:生活在北大西洋和北太平洋;栖息在南冰洋與印度洋和南太平洋。在印度洋發現的則可能是另一個亞種。 20世紀初,在世界上幾乎每一個海域中,藍鲸的數量是相當多的。在超過40年後,捕鲸者的獵殺使它們幾乎滅絕。直到國際社會在1966年開始保護藍鲸後,藍鲸的數量才逐漸上升。一份2002年報告估計目前世界上藍鲸的數量在5000至12000隻之間,并分布在至少5個族群中。最近對于侏儒藍鲸的研究顯示這個數字可能是低估了實際的數量。在捕鲸活動開始前,藍鲸最大的族群是在南極海域,估計大約有239000隻。目前在東北太平洋,南極海與印度洋的數量已經比以前要減少非常多。
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