明初中樞職官沿襲元制。洪武十三年（公元1380年）廢中書省，并規定不再設丞相，由皇帝親理國政。但由于政務繁忙，便由翰林院官員加殿閣大學士銜草拟诏谕。成祖時，命翰林院編修、檢讨等人值文閣，參預機務，處理六部政務，稱為内閣。仁宗以後，内閣權位漸高，人閣大學士們也多是元老舊臣，号稱"輔臣"。

而首席大學士則稱"元輔"或"首輔"，主持内閣大政，成為事實上的宰相，俗稱"閣老"。大學士兼六部尚書者被尊稱為"閣部"。明代，以大學士為首領的内閣仍帶有皇帝私人秘書的性質，其主要權力是"票拟"，即根據皇帝旨意草拟诏令，經皇帝批準後再交六部辦理。

但自明代中後期以後，宦官開始專政，宦官機構司禮監的秉筆太監也可草拟诏令，并代皇帝用朱筆批示奏章，稱為"批紅"。此後，内閣輔臣們又往往要聽命于司禮監秉筆太監，宰相的實權實際上又操于太監之手。

清代中樞職官仿明朝，也實行内閣制。清人關前的内三院（内國史院、内秘書院、内弘文院）已設大學士、學士等，并參預機要。順治十五年（公元1658年）改内三院為内閣，設大學士，加殿閣銜，參預軍國大事。而各部奏章及皇帝诏令的下達，皆要經由内閣。至雍正時，大學士的官位已提升到正一品，為文臣的最高職銜。但自雍正間軍機處成立後，内閣的許多職權卻被軍機處所取代。

軍機處正式成立于雍正十年（公元1732年），原是為西北用兵而設，後遂擴大為參預全部軍國大政，并一直保留下來。軍機處設軍機大臣，稱為"軍機處行走"、"軍機大臣上行走"，資曆淺者稱"軍機大臣上學習行走"，多由特選的大學士、尚書、侍郎等官充任。

其下設"章京"，俗稱"小軍機"，具體負責文書處理及拟制等工作。軍機處雖不是正式官署，但日夜有人值班，皇帝的命令也可由軍機處而直接下達到各地督撫，稱為"廷機"。這樣，軍機處已成為處理全國軍政大事的常設核心機構，内閣反倒被冷落了。而自此以後，大學士不兼軍機大臣，也不再被視為宰相。

明清兩朝的中樞職官，總起來說，是以内閣制為主，即使是清雍正以後所設的軍機處，其軍機大臣不少也由大學士充任。而在行政機構方面，明清兩朝所實行的卻仍是六部制，雖然其具體的機構已有所增減。

明代以六部尚書、都察院都禦史、通政使司和大理寺卿為"九卿"。六部直接向皇帝負責，六部長官的地位和品級都有明顯提高。通政使司設于洪武十年（公元1377年），其長官為通政使，是一個下情上達的機構。因為通政使可以直接向皇帝呈報，故其地位很重要。明代大理寺主要負責對重大案件的複核，遇有重大案件往往要由大理寺、刑部，都察院共同審理，稱為三司會審，俗稱"三堂會審"。

清代中央行政部門的設置基本同于明朝，除六部外，仍有"五寺"、"三監"等。五寺即大理寺、太常寺、光祿寺、太仆寺、鴻普寺。唐代"九寺"中的其餘四寺，宗正寺明清已改稱宗人府，長官為宗人令，位在六部尚書之上。司農寺、太府寺并人戶部，衛尉寺不設。二監即國子監和欽天監。

其中欽天監為明清新設，掌天文曆法，以監正、監副為其長官。明清還繼金而設置太醫院，掌皇帝及後妃醫藥，其長官稱院使。清代還新設理藩院，專管蒙古、西藏、新疆等地的少數民族事務，以尚書、侍郎為正副長官。清代對六部、都察院、通政使司、大理寺也有"大九卿"之稱，即所謂"六部都通大"。清末改官制，于宣統三年（公元1911年）四月宣布成立責任内閣，下設外務、民政、度支、學務、陸軍、海軍、司法、農工商、郵政、理藩等十部，每部長官都稱為國務大臣，其首領為總理大臣（1人）和協理大臣（1～2人）。

明清的最高監察機關都是都察院，并以左、右都禦史和左、右副都禦史為其正副長官。隻是清代自乾隆十三年以後，右都禦史和右副都禦史已不設，例為總督和巡撫兼銜。都察院掌管内外監察，糾舉不法，并依當時的行省，劃分全國為若幹道監察區，設監察禦史以監察各地。

明代按十三行省分全國為十三道，置監察禦史110人，并開始建立禦史出巡地方制度，稱為巡按禦史，俗稱"八府巡按"。有時地方上發生重大糾紛難以排解，則派帶"都禦史"銜的都察院官員去處理，這些官員往往可兼管一省或數省大權。

其中兼管一省行政、民政者稱巡撫，兼管數省軍、政、财權者為總督。他們都隸屬于都察院。此外，明代的監察機構還有六科給事中，專門負責稽查六部及其他中央機構的官員。清代都察院設十五道監察禦史，其中以河南、江南、浙江、山東、山西、陝西六道為掌印道，其餘各道皆附于六道之中。光緒三十二年，随着行省的加多，監察區又增至二十道。

此外，清代都察院還設有宗室禦史處，掌稽查宗人府事務；設稽查内務府禦史處，掌稽査内務府事務；設五城察院，分派禦史巡城，掌京師中、東、西、南、北五城的地方治安。明代的六科給事中到清代也并人都察院，其職掌是稽查在京各衙門的公事。

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