在上世紀八十年代，與内資企業相比，外資企業在工資分配上擁有更多的自主權。當時政策也允許這些企業可以不比照國有企業發放各類餐補、交通貼等等，以年終加發一個月工資來代替。從這個意義上來說，“十三薪”更多體現了各類補貼的綜合發放。
随着國家對企業工資分配的改革，内資企業也擁有了工資分配自主權，一些内資企業也借鑒了“年底雙薪”的辦法。所以目前很多企業的“十三薪”也具有一定的年終獎勵性質。
雖然法律法規沒有對發放“十三薪”或年終獎做出具體的規定，它們屬于企業自主管理的範疇，公司可以根據自身情況來考慮是否發放以及如何發放。但是如果勞動合同或單位規章制度規定有“十三薪”或年終獎，單位就都應按規定足額發放。因為這時無論“十三薪”或年終獎，都已經是勞動者的一種可期待利益，而不再屬于企業單方決定的範疇。
但是實際運用中，“十三薪”與年終獎終究還是會有一些差異。通常“十三薪”更能體現激勵的公平性，而年終獎更能體現績效考核的結果。顯然，用人單位還是可以根據不同特點靈活設置的。
另外，兩者在計算基數上還是有所區别。年終獎在計算數額上，畢竟帶有一定的不确定性。而對于“十三薪”的計算基數來說，如果用人單位有明确規定，則按照規定執行，如本案中就按約定的3萬元執行。
但是如果用人單位沒有明确規定，司法實踐中傾向于按照勞動者當年平均工資作為計算基數。
另外，對于年中解除勞動合同而應當支付“十三薪”的，司法實踐中傾向于按照解除前勞動者十二個月平均工資作為“十三薪”的計算基數。
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