編者按在生物信息學習中,經常發現很多學員操作一段時間之後就有點跟不上了,一條命令要很久才能敲完。主要原因是沒有使用Tab鍵進行命令行的補齊。在Linux的命令行操作中,一定要學會使用Tab鍵補齊,幾乎每一條命令中都要使用。
Tab鍵
Tab鍵俗稱制表符,位于鍵盤最左側大小寫鎖定鍵CapLock之上,波浪線鍵之下。制表位表示四個空格,用來分隔字符。在命令行操作中可以用來自動補齊命令,選項參數(最新Redhat7支持部分參數補齊),以及路徑。
補齊命令行有兩大好處:
- 可以節省輸入字符數,提高輸入效率,比如要使用systemctl命令,直接輸入systemc就可以自動補齊後面的tl;
- 能夠補齊,說明命令或者路徑沒有問題,不會出現Linux系統中經常遇到的“command not found”以及“ No such file or directory”的錯誤;
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尤其是補齊路徑,一條很長的路徑,使用Tab可以很快速的找到需要的文件。
使用Tab補齊命令
1、補齊命令,我們想使用blastp命令;首先在命令行裡敲b字符,然後按兩下Tab,這樣系統就會将所有以字母b開頭的命令都累出來,提示是否顯示所有結果。Tab的補齊原則是,當遇到歧義時,會将所有内容列出來,由用戶繼續添加字符,減少限制條件,直到可以自動補齊。
$b Displayall118possibilities?(yorn)
Tab是如輸字符越多,限制條件越嚴格,因此我們輸入bla字符,在按兩次Tab
$bla blast2sam.plblastdb_aliastoolblastdbcmdblastnblastx blastallblastdbcheckblast_formatterblastpblat
這次以bla開頭的命令就少很多了。我們觀察到blast開頭的命有很多,就需要繼續加字符,直接輸入到blastp。
$blast blast2sam.plblastdb_aliastoolblastdbcmdblastnblastx blastallblastdbcheckblast_formatterblastp
同理,我們可以補齊samtools命令,輸入到samt就可以自動補齊。
$sam sam2vcf.plsamba-regeditsample-reads-randomly.pysamtools.pl sambambasamblastersamtools
使用Tab補齊路徑
文件路徑一般比較長,使用Tab鍵補齊更加方便。例如想使用/ifs1/Database/GATK/hg38/的路徑名。首先敲“/”,然後兩次Tab,這樣就會将根目錄下所有文件列出來,相當于ls命令;字母i開頭的目錄隻有一個,可以一次補齊;
$/ bin/dev/home/lib/media/opt/root/sbin/sys/usr/ boot/etc/ifs1/lib64/mnt/proc/run/srv/tmp/var/
字符D開頭文件也隻有一個,可以繼續補齊,同理可以自動補齊GATK。
$/ifs1/ Database/Example/Grp1/Grp2/Grp3/Sequencing/Software/User/
hg開頭的文件有兩個,需要繼續添加字符
$/ifs1/Database/GATK/hg b37/hg19/hg38/
再給個數字3就補齊了。整個操作,我隻敲了字符“i”,"D","G","hg3",使用了4次Tab就完成了。如果全部敲下來,一共敲24次鍵盤。而且能夠補齊就說明文件存在。
補齊選項參數
在Redhat7系統中,可以使用Tab鍵補齊一些系統管理命令的選項,例如systemctl命令,使用Tab鍵可以補齊選項參數;
$systemctl add-requiresforce-reloadlist-socketsset-environment add-wantsget-defaultlist-timersset-property cancelhaltlist-unit-filesshow cathelplist-unitsshow-environment condreloadhibernatemask
總結
希望大家能夠每條命令中都使用Tab進行補齊,當使用熟練之後,就會知道每一條命令應該輸入幾個字符,然後按一次Tab鍵補齊了。你的Linux操作也越來越快速了。
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