清代的巡撫、總督是地方最高長官，職掌一省或數省的軍政事務，不過值得注意的是“地方”兩字。也就是說，巡撫、總督在清代的性質始終是被定義為“地方官”的，這也是它和明代巡撫、總督最顯著的區别之一。

自朱元璋廢除中書省後，在地方設立了三司（承宣布政使司、提刑按察使司、都指揮使司），分管行政、司法、軍事。它們三個系統各自獨立，難以形成與中央抗衡的力量，但同時地方的穩定是以犧牲行政效率為代價的。地方上因缺乏一個強有力的權威，遇事各個系統之間難以協調，容易造成互相推诿，拖延不決。這是廢中書省後明代省制的一大缺陷。

為解決這一問題，經過長期的嘗試和發展，逐漸形成了總督、巡撫制度。“巡撫”這一名稱的出現，始于洪武二十四年（1391年）朱元璋派太子朱标巡撫陝西。但當時主要是派太子巡視陝西，與此後的巡撫并無任何關系。

真正意義上的巡撫是從永樂十九年（1421年）派遣尚書蹇義等二十六個朝廷大臣巡視天下，安撫軍民開始的。這一時期中央不定期地派朝廷大員巡察地方，所派之人有尚書、侍郎、都禦史、少卿等官，巡視完畢後即複命。

《明史·宣宗本紀》記載：“洪熙元年（1425年）八月，大理寺卿胡概、參政葉春巡撫南京、浙江。設巡撫自此始。“這裡說的實際上是巡撫久駐地方的開始，不久各省便普遍設置。除了在全國十三個省設置外，在一些軍事要沖或事務繁雜、易生事端的地帶也有設置。

巡撫的職責主要是巡視地方、撫安軍民、考察官吏、提督軍務。早期時提督軍務和贊理軍務職責較重，中期以後巡撫職職權已經十分廣泛，涉及到地方政治的方方面面。巡撫在溝通中央與地方、加強地方行政效能方面起到了積極作用，因此巡撫的制度化進程較快，制度化程度也較高。

總督的形成晚于巡撫，與巡撫制度存在一定聯系。總督又有“總理”、“總制”等名目。總督的地位高于巡撫，事權更重，與巡撫普遍參與地方各項行政事務不同，總督職能的專指行較強，或專管某一方面事務，或具有濃厚的軍事色彩。其轄區不限于省，根據所任職掌的需要，或專注于一兩個戰略要地，或跨越數省。

總督可分為專務總督和地方總督兩類。專務總督出現于宣德年間，有總督稅糧、總督漕運、總督河道等名目，以所轄事務為主，輔以提督軍務。地方總督則軍事色彩強烈，一般設于軍事要沖、邊地或發生動亂之處，以利于調動各方力量協同行動。

地方總督出現于正統六年（1441年），時西南麓川之役，朝廷以兵部尚書王骥總督軍務，此為總督之始設。這時的地方總督尚屬臨時派遣，事畢還朝，還未成為定制。《明史·職官志》中記載有地方總督14處，均設于景泰之後。

嘉靖朝是總督設置制度化的重要時期，一些地方的總督在此期間變成常設差遣。如薊遼、宣大、陝西三邊、兩廣等。天啟、崇祯時，國事艱難，遍地烽火，廣設總督，總督的權力和管轄範圍也越來越大，轄區有的達五省、七省之多，名稱有經略、督師、總理等名目。

巡撫設置之初每年有回京議事的之例，中期以後漸漸停止。整體來說，巡撫的地方化程度要比總督要大得多，一是轄區較為固定，且與原有省級行政區基本吻合；其次巡撫已廣泛參與各地方行政事務的管理。總督由于專門化色彩較濃，轄區和設置都缺乏穩定性，因而向地方官轉化需要更長的過程。

明後期，雖然巡撫、總督已具有地方官的某些特征，但在制度上，他們仍然是中央官，是一種差遣。《明史·職官志》中就将督撫列入中央都察院系統内。在官員考察中，督撫參加的也是京察，而不是大計（地方官考核）。

另外，督撫雖然在地方駐守，但卻隻有中央官出差的關防，而沒有地方官的印信。督撫的設置在相當程度上彌補了三司體制的不足，在地方分權的情況下，督撫相對集中的權力有利于提高行政效率和應變能力，同時作為一種差遣官，又便于中央的控制。直到清代，督撫才徹底完成了地方化。

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