草莓的莖分新莖、根狀莖、匍匐莖三種。

1、新莖

新莖是草莓發葉、生根、長莖、形成花序的重要器官。新莖上密生葉片，下部産生不定根。新莖加長生長速度緩慢，年生長量僅0.5～2厘米，加粗生長較旺盛。新莖上葉腋部位着生腋芽，腋芽具有早熟型，當年可萌發形成匍匐莖，或萌發成新莖分支；新莖上部萌發的腋芽成為隐芽，在草莓植株地上部分受到損傷時，隐芽可萌發出新莖或匍匐莖，并在新莖基部形成新根系，使植株迅速恢複生長。

新莖分支從開花結果期就有少量發生，可作為分株繁殖時的營養繁殖器官，用于擴大繁殖，大量發生期在8～9月間，分枝發生的數量最多可達25～30個，但不同品種之間差異很大。同一品種，一般随年齡增長逐漸增多。新莖的頂芽到秋季可形成混合花芽成為弓背的第一花序，花序均發生在弓背的一側。生産上運用這一特性确定植苗的方向，以使花序伸出方向一緻。

2、根狀莖

新莖在第二年葉片全部枯死脫落後，成為外形似根的根狀莖。根狀莖是草莓的多年生莖。它是一種具有節和年輪的地下莖，是儲藏營養物質的器官。二年後的根狀莖，常在新莖基部發生大量不定根；三年以上的根狀莖分生組織不發達，極少發生不定根，并從下部向上逐漸衰亡。植株生長的第三年，首先從下部老的根狀莖開始，逐漸向上枯死。

從外觀形态上看，先變褐色，再轉為黑色，其上根系随着死掉。因此，根狀莖越老，地上部及根系生長越差。草莓新莖上未萌發的腋芽，是根狀莖的隐芽，當草莓地上部受損傷時，隐芽能發出新莖，并在新莖基部生出新的不定根，很快恢複生長。根狀莖與新莖的結構不同，根狀莖木質化程度高，而新莖内皮層中維管束狀的結構較發達，生活力也較強。

3、匍匐莖

由草莓新莖的腋芽萌發形成，它是一種特殊的地上莖。莖細而節間長，萌發初期向上生長，超過葉面高度後便垂向株叢少而日照充足的地方，順着地面匍匐生長。草莓抽生匍匐莖的多少，因品種、年齡等而有很大的差異。一般地下莖多的品種發生匍匐莖較少。2～3年生植株抽生匍匐莖的能力最強。匍匐莖是草莓的營養繁殖器官。1年生植株利用匍匐莖的繁殖系數在20倍以上，每條匍匐莖至少能形成兩株匍匐莖苗。在匍匐莖偶數節（第二、第四與第六節的部位），向上長出正常葉，向下形成不定根，當接觸地面時即紮入土中，形成一株匍匐莖苗。在同一母株上，早期抽生的匍匐莖苗，能形成高質量的幼苗。靠母株越近的幼苗，生長發育越好。

匍匐莖的第一節和第三節，有的可産生匍匐莖分枝。匍匐莖分枝的偶數節上，同樣能抽生匍匐莖，稱第二次匍匐莖，形成草莓幼株。

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