雖然金剛石和石墨都是由碳原子組成,但由于碳原子的排列順序不同,所以金剛石和石墨物理性質不同。金剛石是立方晶體結構,在金剛石晶體中,每個碳原子都以SP3雜化軌道與另外4個碳原子形成共價鍵,構成正四面體。由于金剛石中的碳碳鍵很強,所以金剛石硬度大,熔點極高;又因為所有的價電子都被限制在共價鍵區域,沒有自由電子,所以金剛石不導電。石墨全部以sp2雜化軌道和鄰近的三個碳原子形成三個共價單鍵并排列成平面六角的網狀結構,這些網狀結構以範德瓦耳斯力聯成互相平行的平面,構成層片結構,屬六方晶系,具完整的層狀解理。解理面以分子鍵為主,對分子吸引力較弱,故其天然可浮性很好。但是,由于同一平面層上的碳原子間結合很強,極難破壞,所以石墨的溶點也很高,化學性質也穩定。
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