四姑娘山國家級風景名勝區屬亞熱帶季風性氣候。由于區内地形高差懸殊,随海拔高度的變化,山地氣候變化明顯,從保護區西南角的沃日河谷到主峰頂,形成複雜的氣候垂直帶譜,呈現出溫帶、寒溫帶、亞寒帶、寒帶和永凍帶垂直分布的氣候帶譜。保護區内年平均氣溫為5、9℃,四姑娘山山頂平均氣溫為17、1℃、無霜期78天。區内幹雨季明顯,降水季節、地域分配不均勻,年降雨量為931、5毫米。日照充足,日照百分率高達51%,年平均日照時數為2265小時。
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