1、化學成分不同。黃水晶主要化學成分：二氧化矽，化學成分中含Si—46.7%，O—53.3%。由于含有不同的混入物而呈現多種顔色。紫色和綠色是由鐵Fe2+)離子緻色，紫色也可由钛Ti4+)所緻，其他顔色由色心所緻色。黃玉化學成分為Al2SiO4（F，OH）2，可含有LiBe、Ga等微量元素，粉紅色托帕石可含Cr。斜方晶系，二軸晶，正光性。常見晶形柱狀，柱面有縱紋。常見無色、淡藍、藍、黃、粉、粉紅、褐紅、綠色等顔色。玻璃光澤，透明。
2、硬度不同。黃水晶的硬度：硬度7，為摩氏硬度，相當于鋼锉一般堅硬。黃玉摩氏硬度為8。
3、原石上區别。二者晶面上的條紋，它們的條紋是不同的。黃玉的條紋是豎的，因為它是斜方晶系；而黃水晶的條紋是橫着的，因為黃水晶是三方晶系。如果從底面看的話，會看到黃玉有一組很明顯的解理，而這解理是不存在與黃水晶中的。黃水晶中隻有斷口。
4、比重不同。經過科學鑒定，黃玉的比重在3.49左右，而黃水晶的比重比較小，差不多隻有2.65。如果實驗條件不允許，而剛好的，這是兩塊體積差不多的待測樣品，我們還可以通過用手掂量掂量的方法來區别，黃玉拿在手上會感覺得到重量，而黃水晶拿在手上則是輕飄飄的。
5、光澤不同。黃玉的光澤是比較暖”的，比較柔和，看着很舒服；然而，黃水晶的光澤則給人的感覺是冷”的，很尖銳。
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