秦始皇統一六國之後，便采取一系列的措施，加強中央集權。當政治上加強控制的舉措完成之後，秦始皇便開始了對人們思想上的鉗制。但由于受戰國時期百家争鳴學術空氣的影響，秦初的儒生們尚保留着敢于直言、相互争鳴的學術傳統。他們想不到就是因為這個傳統，一場悲劇在等着他們。

秦始皇統一中原以後的第九年，也就是公元前213年，有一天，秦始皇在鹹陽宮置酒，文武官員全都出席了，有70個在學術思想上有名望有地位的博士也參加了這次宴會。宴會進行當中，圍繞着是否實行分封制，衆儒生之間發生了激烈的争執。丞相王筆、博士淳于越等人主張實行分封，博士周青臣舉酒頒揚秦始皇的功德，“陛下神靈明聖，平定海内，放逐蠻夷，”“以諸侯為郡縣，人人自安樂，無戰争之患，傳之萬世。”秦始皇聽後喜形于色。淳于越聽周青臣說分封制不好，郡縣制好，心裡十分不舒服。他趕快往前走幾步，急急忙忙地對秦始皇說：“陛下！我聽别人說，殷周兩代的國王傳了一千多年，他們分封子弟功臣做諸侯，像衆星捧月那樣護衛着中央，那個制度本來就好得很。如今陛下統一了中原，子弟卻毫無地位和實權。将來萬一出個像當年齊國田常那樣謀篡王位的亂臣賊子，又有誰能挽救得了那種局面呢?我聽老一輩人說過事情不照老規矩辦而想要長久，根本就不可能。現在周青臣又當面奉承陛下，加重陛下的過錯，我看他不是忠臣，陛下還是應當重新謀慮關于分封子弟的事情才好！”

當時焚書的具體辦法是：除了那些講醫藥、占蔔、種樹一類的書以外，凡不是秦國史官所記的曆史書，不是官家收藏而是民間所藏的《詩經》、《尚書》和諸子百家的書籍，在命令下達的30天之内，都要繳到地方官那裡去焚毀。以後還有偷偷談論古書内容的，處死刑。借古時候的道理攻擊當前政治的、全家都要處死。官吏知情不告發的，判處同樣的罪。命令到達後30天不燒毀書籍的，在臉上刺字後罰去做四年長城的苦工。凡有願意學習法令的人，隻許跟官畫 吏去學，不許偷偷地照着以前的古書去學。

這樣，從都城鹹陽到邊遠的鄉村，四處是焚書的烈焰，大批文化古籍在無情的烈火中化為灰燼，中國文化史上第一次滅絕性的大浩劫從天而降。焚書的惡果不僅使許多先秦重要典籍遭到破壞，同時也給春秋戰國以來活躍的思想領域及理論探索者們以緻命的打擊，堵塞了秦代學術自由探讨之路，阻礙了先秦諸子百家思想文化融合的進程。焚書的餘煙尚未消散，“坑儒”的風波又平地而起。“坑儒”的直接起因是方士侯生、盧生等諷議始皇，繼而逃走。

戰國以來，陰陽五行之說盛行，一切方術都用陰陽五行來推演。燕、齊沿海地區，出現了一批講神仙方術的方士。他們宣稱，渤海中有蓬萊、方丈、瀛洲三座神山，山上的宮阙用金銀築成，住着很多長壽的神仙，山上生長着長生不老的妙藥。秦始皇稱帝後，為求長生不老，迷戀仙道，不惜重金，先後派徐福、韓終、侯公、石生等人前去尋求仙藥。由于多方未果，引起秦始皇的不滿。他的脾氣也變得越來越乖戾、暴躁，喜怒無常。

侯生與盧生當時都是秦始皇身邊的方士，由于長期求仙人和仙藥終不得，他們内心也饋惜不安。按照秦國的法律，求藥不應驗就會被處死。他們從博士們的前車之鑒，感受到自身命運亦将不濟從秦始皇的暴戾無常，感受到自己的末日也将來臨。他們識議秦始皇“天性剛戾自用”，“專任獄吏，獄吏得親幸。”他們互相商量像這樣以靠刑罰和殺戳而建立威勢并且貪婪權勢的人，不能為他求仙藥。于是，侯生、盧生悄悄地帶着從秦始皇那裡領來的錢财，相約逃走了。秦始皇大為震怒，他認為自己對盧生等賞賜豐厚，待遇尊隆，而侯生、盧生竟然用這樣惡毒的話來诽謗自己，還居然逃走了，決定要狠狠地懲治他們。于是秦始皇下了一道命令，叫禦史大夫去查辦那些在背後诽謗他的讀書人。被抓去審問的人，受不了殘酷的刑罰，為了給自己開脫，就一個一個地牽出其他人，攀來攀去，一下子查出來有460多個方士和儒生犯有嫌疑。秦始皇一怒之下，也不詳細審問核實，就叫人在成陽城外挖個大坑，把他們全都給活埋了。其實460多人當中，真正反對秦始皇的隻有少數人，大多數人都是含冤死去的。始皇的長子扶蘇覺得這樣做太殘暴了，他對秦始皇說，天下初定，遠方黔首尚未安定，“諸生皆誦法孔子，今上皆重法繩之，臣恐天下不安。”秦始皇對自己的殘暴不僅沒有一點點醒悟，相反還将扶蘇貶到上郡。

秦始皇的焚書坑儒，從史書的記載上看，事實比較清晰。但有人認為這件事情的經過還存在着一些問題，如秦始皇究竟坑的是誰？

章太炎、顧颉剛等大師指出，焚書确是事實，但坑儒是沒有發生過。秦始皇發怒是沖着方士的，按情理來說當時坑的460個是方術之士而非“誦法孔子的儒生，至少可以說400多人中儒生很少。《鹽鐵論》說：“燕齊之士釋鋤耒争言神仙方術，于是趣成陽者以千數。”坑殺者中沒有方士，無論如何是說過去的。秦始皇時期，儒士在社會上的地位比戰國更有所提高，坑方士後，儒生的社會政治地位并未造成什麼影響。之後始皇東巡，齊魯地區的70位儒生被任命為博士，跟了他到泰山舉行封禅。到了漢代，儒家對這件事也不十分介意，很少有人談起。西漢中期時，人們談到這件事，也僅是說“坑殺術士”沒有人說是坑殺了儒士。

首次将這件事說成“坑儒”的是西漢始元六年（前81)的桑弘羊，然而這時離事件的發生遠達一百多年，說法的準确性是令人懷疑的。但這種講法卻為後代許多人繼承，而且越傳越烈。盡管如此，一些儒學大家對此還是比較謹慎，如韓愈、蘇轼等人仍然稱其為“坑殺學士”、“屠術士”。

大多數人認為坑儒是存在的，這400多人中儒士占了大多數。而且從一些史料的記載來看，秦始皇的坑儒好像還不止一次。唐朝顔師古注《漢書·儒林傳》和孔穎達《尚書正義》中引錄東漢衛宏《诏定古文尚書序》說：“秦始皇焚書以後，擔心天下人不按照他頒布的法令去做，遂召諸生，凡是到鹹陽的一律拜為郎，前後有700人。不久密令冬天在骊山坑谷比較溫暖處種瓜。等到瓜結果成熟，他诏博士、諸生談論這件事。冬天種瓜，儒生們實在搞不清楚，各人談各人的觀點，亂哄哄的。于是始皇讓大家前去察看，預先派人在這個地方設置了一個機關。諸生賢儒來到後，大家仍是互相論難不止，始皇命人觸發機關，從上面将土往下填，不一會兒衆儒生全部被壓在下面，沒多少時間就沒有聲息了。”衛宏的記錄，當然是得之于傳聞，而且這件事情《史記》沒有記載。與前面的“坑儒”不知是否為一件事，今天因沒有佐證而無法知道。

骊山溫谷從此又叫坑儒谷，漢代又把這裡叫愍儒鄉，有學者考證，該谷在今臨潼縣西十公裡的洪慶堡，洪慶堡過去又叫滅文堡。又據劉修明先生實地考察認為，坑儒谷當在今距臨潼西南五裡處的一個狹長幽深的山谷裡，其地“溫泉水脈縱橫，瓜果能不按季節而生”。山谷兩邊都是高坡峻嶺，隻要投下黃土石塊，守住谷口，進的人，别說是數百人，即便是數千人也同樣逃不出來。

也有人認為秦漢時期的儒生兼事方術，方士也可能兼事儒術。侯生、盧生為秦始皇尋仙藥，顯然他們是術士，但他攻擊秦始皇的那段話，口氣與儒生一模一樣。從當時的實際情況來說，始皇迷信方術，單純的儒術明擺着吃不開，所以儒生兼習方術或棄儒專事方術應是很有可能的。

“焚書坑儒”對社會發展是否有利，也是一個曆史之謎。

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