減少基因突變對編碼序列的損害,突變有較大可能會發生在漫長的内含子上;是新基因産生的溫床,内含子序列的改變可能影響剪切方式;有些内含子中包含轉錄調控序列,可以結合轉錄調控因子,控制轉錄速率,一些增強子、沉默子甚至核心啟動子就是定位在内含子中的。
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