當臨床醫生懷疑患者由乙型肝炎轉變成肝癌時，需要檢驗學上的确認，常規項目有B超，CT，核磁共振等影像學檢查及血液生化檢查。與肝癌診療相關的血液檢查主要是檢測腫瘤标志物——甲胎蛋白（AFP），其它的檢測還有鐵蛋白（Fer），血清酶（r—GT及同工酶，AFU，堿性磷酸酶及同工酶，丙酮酸激酶及同工酶，胎盤型谷胱甘肽S—轉移酶）等。
在臨床中研究表明，原發性肝癌大約有70%~90%的患者甲胎蛋白（AFP）增高，并且甲胎蛋白數值水平與腫瘤大小呈相關性，具有密切關聯。轉移性肝癌以及非腫瘤性疾病如肝硬化、肝纖維化、急慢性肝炎、先天性膽道閉鎖等，也可見甲胎蛋白增高。其他惡性腫瘤如卵巢癌，胃癌，結腸癌，睾丸癌，胰腺癌等，臨床上甲胎蛋白水平也是高于正常值。
在肝癌診斷方面，一般以400μg/L分界，作為原發性肝癌（PHC）的診斷臨界值。大于400μg/L需要高度重視，400μg/L以下可以随診觀察。但是一部分原發性肝癌（PHC）患者的甲胎蛋白也在正常範圍内。臨床上診斷認為，甲胎蛋白數值水平高低與腫瘤的分化程度有關，中等分化程度的肝癌多合成甲胎蛋白，而低分化和高分化程度的肝癌很少或者不合成甲胎蛋白。因此，臨床檢測甲胎蛋白數值對于患者病情的評估和治療效果評價有一定意義。
甲胎蛋白雖然對早期肝癌診斷是較好的指标，但臨床實際意義還是有限。有部分肝癌患者甲胎蛋白濃度持續在20~200μg/L，對于做出早期診斷有一定困難。一般情況是甲胎蛋白數值≥500μg/L，持續一個月，并且排除其他相關疾病，尤其要和肝硬化相鑒别；或甲胎蛋白≥200μg/L持續兩個月不降低，同時參考肝功能生化異常指标，并參照影像學檢查，基因學檢查，細胞學檢查，才能做出準确的判斷。
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