化療藥物在腫瘤的治療過程中，雖然殺傷了腫瘤細胞，但對人體正常細胞如骨髓細胞、胃腸道黏膜細胞、皮膚黏膜等也有相當程度地損傷。
臨床化療過程中常出現的毒副作用有：骨髓抑制、胃腸道反應、脫發、免疫力下降、炎症反應、心髒毒性、腎髒毒性、肺纖維化、膀胱炎、神經系統毒性、肝髒毒性等。對于兒童來說，除上述的副作用還可能對體格發育及生殖細胞的發育産生不良影響。
但是大多數化療的副作用對孩子身體的影響一般是較為短暫的，而且在一定程度上是可以預防和治療的。例如，在化療期間食用軟食、易消化的清潔食物以及少食多餐就可減輕化療後的惡心、嘔吐等胃腸道反應，如果配合鎮吐藥物則效果更佳。
為了預防身體其他器官的損傷，可以通過飲水、輸注大量的液體促進化療藥物的排出，應用保護心髒、肝髒、營養末梢神經等藥物預防或治療并發症。
至于化療引起的免疫力下降、身體虛弱及血細胞下降等副作用可以應用免疫療法、促進血細胞生成和抗感染、支持治療等療法。
與化療相比，放療的副作用主要表現在乏力、皮膚黏膜損傷、飲食下降、惡心、嘔吐、發熱、脫發及骨髓抑制等方面。
其預防的主要方法是放療前禁食，當天食用清淡飲食，保證充足的睡眠，衣物柔軟舒适，照射部位避免物理和化學刺激。放療引起的骨髓抑制可以通過間歇性的放療使骨髓造血功能得以恢複。
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