本文對我們在X檔案電視劇集中知道和未知的事做一個回顧，同時對于可能恢複的X檔案故事給予一定關注（如X檔案的第二部電影）。

這部系列劇終結篇宣稱解釋了大量政府的陰謀。然而事實是幾乎沒有解釋什麼，如果這部終結篇中的任何事都是最新的。以前情節中沒有發現的事仍然沒有揭示謎底。而且，在對Mulder審判過程中的簡短的對話片斷所提供的解釋仍然留下了太多疑問沒有說明。 仔細回顧X檔案以前神秘理論情節中所提供的圖片比終結篇給我們提供的更完整。也許我的這種觀點并不權威，但至少把他們結合在一起是這樣。 這是我對X檔案中外星人/陰謀論完整性的解釋： 被稱之為黑油（Black Oil）的病毒，出現于幾百萬年前的地球。它可能已經進化了。很可能是通過流星或别的手段來到地球。有人認為它是行走于地球的第一個智能生物。這種病毒以類似于油的自然形式呈現，能進入異種生物體内并控制他們的身體。因此，這種病毒被認為肯定存在着感覺能力。 另一類外星人，他們類似于人，也是很久以前到達地球，大約在35,000年前。顯而易見黑油控制着部分或所有這種類型的外星人。他們中的一部分離開了地球，很可能是在這種病毒控制下離開的。而另一部分留在了地球，生存于各種秘密的地下位置，以休眠方式處于待激活狀态。大量的黑油也積蓄在地下。這可能是因為在那時沒有足夠的人類維持黑油的殖民計劃。 在數個世紀中，黑油外星人偶爾會綁架人類，充當實施行動的宿主，像X迷所熟知的“賞金殺手”。例如大約在公元1300年，實質上除了幾個老人外，外星人捕獲了整個Anasazi人,那幾個老人躲在含有磁鐵礦的印弟安村莊中。顯然外星人不能在那種地方生存。 現在，殖民軍隊的外星人主體力量正在返回，可能已經獲得了增強。他們的高層代表與影子政府結盟合作達數十年。他們的目标就是控制整個人類的身體，産生一種奴隸。外星人所代表的力量可能類似于我們通常所說的“Grey Aliens”，這是在黑油病毒控制之下的形式。 美國情報機構首次了解這種外星人是在1947年的羅斯韋爾（Roswell），首次殖民計劃是在1973。全世界許多國家政府的強權人物都意識到沒有辦法阻止外星殖民。作為緩兵之計他們成立了一個自己的組織并與外星人高層締結盟約，協助外星人殖民計劃，作為交換，外星人不會讓這個聯盟成員或家屬被黑油感染。

通過外星人得到給影子政府的工具是一個計劃——創造人類與外星人的雜合體，并且對黑油病毒具有免疫能力。一旦這種基因雜合人試驗成功，影子政府成員将接受此基因治療成為變種人。他們使用代碼名為“純種控制”（Purity Control）即此計劃。在二戰時從事人體實驗不道德研究的德國及日本科學家被雇傭繼續純種控件工程項目。發展克隆技術及利用綁架者的基因材料是這項工程的全部。綁架者被通過他們身上的天花疫苗傷疤來識别跟蹤。 由于某種原因，外星人不能或者不願親自管理DNA的研發工作。他們給影子政府提供科研信息和方向。監督由賞金殺手進行。對于人類而言很幸運，基因技術要求比二十世紀五十年代人類所掌握的技能要高很多。顯然外星殖民者願意等，也可能是因為有太多不成功的死亡案例。時間表上要求在2012年開始入侵計劃，因此也給科技進步提供了充足的時間。

對外星人而言，顯然他們缺乏征服地球的足夠力量，隻能等到2012年他們的殖民部隊來到地球。他們與影子政府的合作允許他們控制操縱政府對他們存在的反應，從而抑制阻止殖民的力量。對外星人而言在政治上使用這樣聰明的一招非常少見，但是記住他們已經研究占據人類有幾千年了。他們很可能非常了解人類的心理。

至少對于某些影子政府而言，與外星人的合作是一種僞裝——緩兵之計，這是為應對外星入侵開發出真正有效的防禦措施赢得時間。在開發黑油病毒抗體疫苗上投入了大量資源和努力。如果這種疫苗開發成功，不僅保護人體免受黑油病毒入侵，而且也可以驅逐已經寄居人體的病毒。 然而外星人還有一個秘密計劃。就是通過人體來孕育外星人（Grey aliens），這個過程将導緻人類種族滅絕，因為這個過程将殺死宿主人體。Greys，用于雜交試驗的外星DNA來源。顯然這比智能病毒更可怕。這可能是因為 Greys 擁有不被人類所掌握的力量，比如能夠變形、強大的精神念力。許多人類被綁架做試驗有些人被釋放，另一些人被帶到外星人的秘密基地，比如埋藏于南極冰下的飛船當中，轉交給殖民者。影子政府可能認為這些被綁架者将被感染充當入侵部隊，但事實是他們被作為宿主感染以孵化更多的外星人（Grey aliens），等孵化時間正好時才把他們冷凍。 玉米和蜜蜂是這個計劃的另一個組成部分，盡管他們的準确角色還不清楚。影子政府可能告訴外量殖民者攜帶病毒的蜜蜂可以感染人類，或者蜜蜂可以在傳播花粉時将病毒植入其中。影子政府可能希望玉米（或者處理過的玉米油）能用于向世界各地傳播病毒免疫疫苗。注意到蜜蜂對玉米授粉是令人感興趣的；這個精心設計的騙局可能是影子政府用以誤導外星殖民者。

影子政府最初是作為一個情報運作、管理純種控制的一個秘密地下聯盟開始的。然而經過了很多年，它的力量和影響越來越強大，滲透于國際間各個方面。在1990年，他們停止讓成員行動對任何一個政府負責。他們隻服從自己内部結構的命令鍊。Conrad Strugholdt，一個德國工業家，離開他的祖國去了北非，成為公認的領袖。 煙鬼是影子政府成員之一，他甯願阻礙入侵也不願意投降外星殖民者，這是有可能的。雖然他的動機仍不明朗，但是他的行動能被解釋，他與影子政府中打擊外星殖民者的成員一起合作并且削弱樂意與外星殖民者合作的成員力量。 為了避免曝光，影子政府使用假情報的方式，利用政府機構做掩護隐藏他們的工作。他們也不時利用外量殖民者的人，如賞金殺手。直接使用他們是很危險的。他們能幫助阻止洩露和威脅，但是他們也可能發現影子政府正在緻力于疫苗研究的秘密。如果一旦被外星人所知道，将會加速殖民的進程并且導緻影子政府所有成員的死亡。 對于影子政府而言，結局将證明這是否正确。他們的秘密代表着他們唯一的希望，當這個星球被突然來襲是一個避免被奴役的希望。 在二十世紀九十年代幾個新的因素使情況更危急： 1. 一種新種族的外星開始活躍，準備與黑油的殖民計劃抗争。他們是誰以及他們的計劃我們知道的更少。作為黑油的敵人，他們非常殘忍，經常甯可殺死人類也不允許他們被賞金殺手帶走。影子政府與這些外星人也聯系過這是有可能的，但是他們一直都沒有意識到他們是各自獨立一種（一種可能性是這一種外星人也是由Greys構成，但是他們沒有被黑油病毒控制）。 2. 探員 Mulder與Scully一起整理X-檔案，這對影子政府造成了壓力，因為這可能危及純種控制研究的曝光。 3. 影子政府成員震驚于外星人在人體内孵化的事實。在對外星人計劃承諾實施了多年後，組織成員開始懷疑他們被外星人欺騙了。 4. 俄國人研制出了一種不穩定的疫苗在對抗病毒上有些效果，但似乎影子下令沒有成功的再生産。 5. 研究所付出的努力最終得到了回報，第一個人與外星人的雜合體 Cassandra Spender。 Cassandra的研究成功觸發了一系列的事件。影子政府知道外星殖民者準備提前行動，而聯盟成員隻得接受失敗。按照很多年前的協議，他們的成員及家屬聚集于機場大棚内等待殖民者帶走“保護”他們。然而來的外星人卻是叛軍，他們甯可殺死所有人也不讓他們處于黑油權力之下。 入侵沒有立即開始，黑油外星人也許是不想也許是不願意立即着手地球的攻擊。這可能是因為南極的太空船被毀壞後，他們極度缺乏資源。這也可能解釋為什麼他們仍然在他們發現它的地方抽取黑油。這也可能是因為2012年是入侵殖民軍隊的太空飛船到達的日期，到那時才會發生入侵。他們可能認為自己目前人數太少勝算不大。

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