高溫、過酸、過堿會破壞蛋白質的空間結構但不會破壞肽鍵，蛋白質水解酶可以破壞肽鍵。一般認為蛋白質的二級結構和三級結構有了改變或遭到破壞，都是變性的結果。能使蛋白質變性的化學方法有加強酸、強堿、重金屬鹽、尿素、丙酮等；能使蛋白質變性的物理方法有加熱（高溫）、紫外線及Ｘ射線照射、超聲波、劇烈振蕩或攪拌等。
肽鍵氨基酸通過肽鍵連接形成肽。
一分子氨基酸的α－氨基與另一分子氨基酸的α－羧基脫水縮合形成的共價鍵（ＣＯＮＨ）稱為肽鍵。兩分子氨基酸縮合成為二肽，二肽仍有自由α－氨基和α－羧基，能同樣借肽鍵與其他氨基酸縮合成三肽，相同的反應可繼續進行，依次形成四肽、五肽……通常由１０個以内氨基酸連成的肽稱為寡肽；更多的氨基酸可連成多肽，氨基酸相互連接，形成長鍊，稱為多肽鍊。
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