紅曲又名紫色紅曲黴,菌絲體大量分枝,初期無色,漸變為紅色,老後紫紅色,菌絲有橫隔,多核,含橙紅色顆粒,成熟時在分枝的頂端産生單個或成串的分生孢子。
分生孢子褐色,(6-9)μm×(7-10)μm。在另外菌絲頂端還産生橙紅色單個球形子囊殼,閉囊殼橙紅色,近球形,直徑25-75μm,内含多個子囊。子囊球形,含8個子囊孢子,成熟後子囊壁消失。子囊孢子卵形或近球形,光滑、透明、無色或淡紅色,(5.5-6)μm×(3.5-5)μm。
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