豆腐上的紅色黴菌是紅曲黴菌。紅曲黴菌為真菌門,子囊菌綱,真子囊菌亞綱,紅曲黴屬。古籍中對它的特殊功效及在食品上的應用早有記載。紅曲黴作為中國傳統食品的發酵用菌,是目前世界上唯一被批準可用于生産可食用色素的重要微生物。紅曲黴有庫曲、輕曲、色曲3個品種。庫曲主要釀制黃酒、果酒和藥酒,輕曲用于腐乳、醬菜、果酒、藥酒及食品着色,色曲用于食品着色。并且紅曲黴能夠産生多種對人體有益的代謝産物,其代謝産物還有藥用價值。
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