1. 計時引爆摩天樓

　　新一收到了來自世界知名建築家——森谷教授于其宅邸舉行的晚會的請帖。柯南、小蘭和小五郎應邀出席，同時兇手連續發來炸彈預告，城市陷入了恐慌。

　　2. 第14個目标

　　目暮警官、小蘭的母親妃英理、阿笠博士接連遭到不明身份之人的暗算。柯南追蹤傷害阿笠博士的兇手，他根據幾起案件現場留下的線索發現兇手按照撲克牌的順序行兇，而且遇害者皆與毛利小五郎有關。

　　3. 世紀末的魔術師

　　羅曼諾夫王朝的皇室秘寶，将在大阪鈴木财團美術館内展出的同時，怪盜基德寄出"犯案預告信"準備奪取這無價的皇家藝術之寶，于是鈴木會長要求小五郎協助警方偵查，以防秘寶被竊取。柯南一行人來到大阪，遇到服部平次，便一同偵查此案。

　　4. 瞳孔中的暗殺者

　　專針對警察的連續殺人案件發生了，已經連續兩位東京警視廳的現任刑事慘遭殺害，而遇害的兩位刑事都手握警察手冊氣絕身亡。這時，小蘭卻因承受不了佐藤警官重傷昏迷的打擊，從而患了逆性健忘！失去記憶的蘭不斷受到犯人的攻擊，為了找回記憶，衆人帶蘭去熱帶公園。

　　5. 通往天國的倒計時

　　柯南一行人來到全日本最高雙塔摩天大樓參加開幕典禮，在秘書的帶領之下參觀了這座兩棟幾乎一模一樣的最尖端高科技雙塔摩天大樓，不久之後第一個殺人事件發生了。在那附近，柯南目擊到難以置信的東西。黑色的保時捷356A。并且灰原也開始與什麼人秘密聯系。

　　6. 貝克街的亡靈

　　柯南等人闖入夏洛克·福爾摩斯活躍的100年前的倫敦。世界最先進的虛拟體感遊戲"繭"操縱着50個人的生命。柯南和父親工藤優作一同挑戰人工智能"諾亞方舟"。

　　7. 迷宮的十字路

　　東京、大阪、京都的5名男子遭到殺害。警視廳的目暮警部一行人、大阪府警大泷警部、京都府警绫小路警部開始聯合調查。與此同時，小五郎接到某個寺院的委托，與柯南等人一同到達了京都。東、西名偵探柯南、平次，齊心協力化解挑戰。

　　8. 銀翼的魔術師

　　東京的最新景點。那裡某棟大樓的屋頂上，與柯南對峙的是他的宿敵怪盜基德。柯南、小蘭、小五郎和牧樹裡收到了怪盜基德的預告函。小五郎得知牧樹裡在舞台劇《約瑟芬》上使用藍寶石戒指"命運的寶石"，做出了當晚基德會前來搶走寶石的推理。

　　9. 水平線上的陰謀

　　在太平洋航行的阿佛洛狄忒号。柯南小蘭、小五郎，還有少年偵探團和阿笠、園子等一行人，參加了它的處女航。靠八代财團的威信建造的那艘船上，邀請了許多政界和演藝界的名人。在船上，有個可疑人影在行動。最終，發生了殺人案。

　　10. 偵探們的鎮魂歌

　　小五郎接到了偵探委托。委托人将ID交給了少年偵探團和小蘭，他們興高采烈地去乘坐超人氣過山車，可是那個ID設置了炸彈。如果不能解決委托，将會令其爆炸。時限為截至閉園的12個小時。不斷提供提示的神秘男子，将柯南稱為"工藤新一"同樣和葉也被當作人質。在與服部平次會合的同時，柯南全力向真相逼近。

　　11. 绀碧之棺

　　柯南一行人在太平洋小島"神海島"上度假。傳說中沉睡着300年前真實存在的兩個女海盜安娜·邦妮和瑪麗·裡德留下的财寶，因此吸引了很多寶物獵人。這時，在海底宮殿附近潛水的小蘭等人面前，獵人之一被鲨魚襲擊身亡，但柯南推理這不是意外。

　　12. 戰栗的樂譜

　　柯南等一行人，受到了這位鋼琴家的邀請，出席由他出資建造的音樂廳的落成典禮音樂會。可是，在音樂會正式舉辦前，陸續發生了許多可疑案件，而正式演出當天，柯南他們所在的音樂會會場突然發生了爆炸，陷入一片火海。

　　13. 漆黑的追蹤者

　　以東京為中心發生了6起連環殺人案件。除目暮警部外，還有各縣刑警和小五郎參加了調查會議。令柯南意想不到的是，他發現一位會議上的刑警進入了一輛跑車裡。"黑衣組織"中的一人潛入了調查會議，并乘琴酒的車逃走了，危機一觸即發。

　　14. 天空的遇難船

　　針對以全世界珍貴寶石為目标的怪盜基德，大富豪·鈴木次郎吉發出了挑戰書：有本事就來盜取世界上最大的飛艇鈴木号中收藏的寶石"天空的貴婦"吧，時間限制為東京⇔大阪間的6個小時。被次郎吉招待的小五郎、小蘭、柯南、少年偵探團的孩子們也乘上飛艇，就在此時，神秘組織"紅色暹羅貓"襲擊了飛艇。

　　15. 沉默的15分鐘

　　"針對你這4年傲慢無禮的執政期，在此施下天誅的警告！"12月某天，朝倉東都知事收到一封恐吓信。第二天，剛開通的都營地鐵隧道被炸毀。不過，多虧了從小五郎那裡得知恐吓信的柯南，才避免了慘劇。柯南等人到建好水壩的新潟縣去。迎接搬遷5周年紀念儀式的北之澤村，很多人在一起圍觀。柯南剛開始調查，卻在雪原上發現了死因不明的遺體。

　　16. 第11個前鋒

　　毛利偵探事務所突然接到一通威脅電話，路上的汽車就在小五郎的眼前爆炸了。若不能根據犯人寄來的挑戰書解讀神秘暗号，便無法阻止接下來的爆炸。而正當柯南與灰原哀和少年偵探團一起、沉浸在觀看最愛的足球比賽的快樂之中的時候，得知了威脅電話的事情，為了解讀暗号柯南獨自一人離開了球場，卻得知了無人能夠阻止的恐怖事實。

　　17. 絕海的偵探

　　海上自衛隊舉行寶貴的宙斯盾艦航海體驗。柯南、小蘭、小五郎、少年偵探團一行人享受着用電子武裝的高科技軍艦施展的大震撼力。然而突然發現了沒有左臂的遺體,着手調查的柯南，得知艦上乘上了某國的間諜"X"。這次航海中，隐藏着遠超想象的足以颠覆整個日本的巨大陰謀。

　　18. 異次元的狙擊手

　　以635米的高度為傲、可以俯瞰東京街景的鈴木塔竣工。前往參加其開幕儀式的柯南等人，從眺望台上享受着絕美的景色。就在此時，一發子彈擊碎了窗戶玻璃，打穿了一個男人的胸膛。案件發生于一瞬之間，完全搞不清到底發生了什麼，小蘭與少年偵探團都陷入了恐慌。柯南立刻利用追蹤眼鏡的望遠鏡功能，沿着彈道發現了一個黑色的身影。

　　19. 業火的向日葵

　　曾經在日本被燒毀的梵高名畫《向日葵》在聚集了大富豪的紐約拍賣會場中标。鈴木次郎吉以3億美元的史上最高金額得到了這幅名畫，次郎吉打算召集通稱為"七武士"的專家來保護《向日葵》，但此時怪盜基德突然現身，在發出宣戰布告聲稱自己必定要奪取這幅名畫之後便離去。

　　20. 純黑的噩夢

　　某個漆黑之夜，日本警察内部遭間諜侵入,甚至FBI的機密數據都被竊取。千鈞一發之際，安室透率領公安警察及時趕到。間諜奪車而逃，間諜的車被FBI赤井秀一的來福槍子彈擊中，從公路上墜下。第二天，柯南一行人到東都水族館遊玩，發現了一名獨自站在那裡的外表端莊秀麗的受傷女子，女子已是連自己的名字也不記得的失憶狀态，所帶的手機也已損壞。柯南等人商定幫助她找回記憶，就這樣與她一同行動，而這被貝爾摩德在暗中從頭至尾監視着。

　　21. 唐紅的戀歌

　　大阪的地标——日賣電視台突然發生了爆炸案。此時，台内正進行由日本百人一首協會帶頭的"臯月會"的發布會的錄制。突發的事态引發了大恐慌，從轟隆作響的即将崩塌的大樓中，案件如恐怖襲擊一般，然而犯人的目的無人知曉，甚至連犯罪聲明都沒有出現的無法理解的狀況令柯南和平次不禁感到蹊跷。與此同時，在京都岚山的日式住宅内，發生了臯月杯冠軍遭殺害的案件，那時，在殺人現場的顯示器中映現的，是紅葉的身影。

　　22. 零的執行人

　　東京灣的新設施"海洋邊緣"成為東京峰會召開地。這樣的超巨大設施，某天突然發生了大規模爆炸案！。現場留下的作為證據的指紋，與曾在警視廳就職的毛利小五郎的指紋一緻！這是什麼樣的陰謀。柯南與安室圍繞小五郎的逮捕開始敵對。神秘的存在——安室透，究竟是敵人，還是夥伴？"絕密任務"的倒計時，已經開始向"那個時候"轉動起來了。

　　23. 绀青之拳

　　在19世紀末與海盜船一同沉入新加坡近海的世界上最大的藍寶石"绀青之拳"。現場留下了怪盜基德沾有血迹的預告函。另一邊，為了觀看在新加坡舉辦的空手道錦标賽，小蘭和園子來到了當地。不久，基德得到了在某個宅邸的地下金庫中沉睡着藍寶石的情報。他以為很簡單就可入侵成功，但無比危險的陷阱等待着基德，擋在他面前的，是400戰無敗績的最強空手道家——京極真。基德的命運是……在那之後，就如預兆着什麼不祥之物一般，從新加坡的象征——魚尾獅中噴出了被染為鮮紅的水！

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