與群衆業務上有關的區别：按照分稅制财政管理體制，全國稅務機關分為國家稅務局（以下簡稱國稅）和地方稅務局（以下簡稱地稅），負責征收不同的稅種。我國現行稅種有二十多種，按照實際情況劃分為中央稅、中央與地方共享稅、地方稅三種。其中，中央稅歸中央所有，地方稅歸地方所有，中央與地方共享稅分配後分别歸中央與地方所有。國稅局負責的稅種有：增值稅，消費稅，車輛購置稅，鐵道部門、各銀行總行、各保險總公司集中繳納的營業稅、所得稅、城市建設維護稅，中央企業繳納的所得稅，中央與地方所屬企業、事業單位組成的聯營企業、股份制企業繳納的所得稅，地方銀行、非銀行金融企業繳納的所得稅，海洋石油企業繳納的所得稅、資源稅，外商投資企業和外國企業所得稅，證券交易稅（開征之前為對證券交易征收的印花稅），個人所得稅中對儲蓄存款利息所得征收的部分，中央稅的滞納金、補稅、罰款。地稅局負責的稅種有：城市維護建設稅（不包括上述由國家稅務局系統負責征收管理的部分），地方國有企業、集體企業、私營企業繳納的所得稅、個人所得稅（不包括對銀行儲蓄存款利息所得征收的部分），資源稅，城鎮土地使用稅，耕地占用稅，土地增值稅，房産稅，城市房地産稅，車船使用稅，車船使用牌照稅，印花稅，契稅，屠宰稅，筵席稅，農業稅、牧業稅及其地方附加，地方稅的滞納金、補稅、罰款。
管制上的區别：國家稅務總局為國務院主管稅收工作的直屬機構（正部級）。地方稅務局簡稱地稅，其性質是行政單位。國家稅務局系統由國家稅務總局垂直領導；省級地方稅務局受省級人民政府和國家稅務總局雙重領導，省級以下地方稅務局系統由省級地方稅務機關垂直領導。因此，國家稅務局系統和地方稅務局系統分屬國家不同的職能部門，一般是分開辦公的。
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