肝髒損害:抗菌藥物吸收後在肝髒代謝,故肝髒易受抗菌藥物損傷肝髒;腎髒損害:藥物經腸道吸收後均以原型或代謝物經腎髒排洩,故腎髒易受到藥物損害;神經系統損害:中樞神經系統、聽力、視力、周圍神經系統病變以及神經肌肉傳導阻滞作用等;血液系統損害:各類抗菌藥物在長期和大量應用時都可以影響血細胞的生成,緻血細胞減少,包括白細胞及粒細胞減少、血小闆減少及全血系統減少即再生障礙性貧血;消化道反應;二重感染或菌群失調;過敏反應,此反應最嚴重或最常見,為抗原和抗體相互作用而緻。
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