1、組織制度體系缺陷:明末農民起義爆發的表面原因在于商品經濟的急劇發展和剝削程度的急劇加重,農民和地主之間的矛盾,社會各階層和封建統治者之間的矛盾,加派激化矛盾,而其深層次矛盾則在于明朝中後期的制度體系—宦官和賦稅制度。
2、軍制的敗壞:屯田制中的軍屯制度到後來弊端暴露無遺,首先是克扣糧饷,明後期,将領克扣士卒糧饷是一個極其普遍的現象,他們用脧削所得,過着糜爛生活,向兵部官員、監視太監和紀功禦史等人行賄,營求升遷或開脫罪責,其次是軍隊的屯田多被軍官、豪強和内監占奪,使軍隊失去糧食的來源,決定了霸占軍田的人同士卒的矛盾激化,平時摩擦甚多。
3、稅收嚴苛和土地兼并:明中期以後,國家财政的破産和賦稅的加派,不斷提取太倉銀兩供自己享用,甚至把外庫的藏銀輸入戶部,導緻國家财政内外交困,面臨破産。并且為了應付日益增多的軍費開支,朝廷不斷地加派賦稅,明朝統治階級在全國範圍内以征礦稅為名,派遣了大量礦稅監,魚肉人民,加重百姓負擔,加速了階級矛盾激化。
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